针对施工单位实际发生费用但合同未约定的情况，可按以下思路处理：

1. 优先协商补充约定
   根据《民法典》第510条，合同生效后当事人可就质量、价款等未约定事项协商补充。建议施工单位整理费用明细（如人工、材料、机械台班等凭证），主动与建设单位协商签订补充协议，明确费用承担方式及支付节点。若双方能达成一致，补充协议与原合同具有同等法律效力。

2. 依据行业惯例或交易习惯主张权利
   若协商未果，可依据《民法典》第511条，按以下顺序确定费用承担：

   • 参照行业标准：如当地建设主管部门发布的计价规范、定额标准等；
     
   • 参考类似项目：提供同期同类工程费用结算案例作为佐证；
     
   • 交易习惯：如长期合作中形成的费用报销流程、审批方式等。
     需注意：行业惯例需经双方认可或为领域内普遍遵循的规则，否则可能不被采信。

3. 通过法律程序主张实际损失
   若费用系因建设单位原因导致（如设计变更、指令停工等），施工单位可依据《民法典》第577条主张违约责任，要求赔偿实际损失。此时需重点收集：

   • 因果关系证据：如变更通知、停工令、现场签证单等；
     
   • 损失计算依据：如采购合同、付款凭证、第三方鉴定报告等；
     
   • 通知义务履行证据：证明已及时向建设单位报告费用发生情况。
     提示：若费用系施工单位自身原因产生（如管理不善、效率低下），则难以获得支持。

4. 特殊情形下的处理建议

   • 政府投资项目：需严格遵守《政府投资条例》，费用需经财政评审或审计确认；
     
   • EPC总承包项目：若费用属于设计范围内的合理支出，可主张纳入总价包干范围；
     
   • 不可抗力情形：根据《民法典》第590条，可主张部分费用分担（如停工期间必要留守人员工资）。

行动建议：

1. 立即整理费用凭证并分类归档（按时间、项目、费用类型等）；
   
2. 发送书面函件至建设单位，说明费用发生原因及金额，要求限期回复；
   
3. 若30日内未达成一致，可委托造价咨询机构出具审核报告作为证据；
   
4. 同步准备诉讼/仲裁材料，避免超过3年诉讼时效。
   

如需进一步分析具体证据或起草法律文件，可随时向我提供项目细节，我将结合《建设工程施工合同（示范文本）》（GF-2017-0201）相关条款为您定制解决方案。