结论：建设工程施工合同未约定工程款是否含税时，通常视为不含税价，但具体处理需结合合同条款、行业惯例及税务规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、法律与行业惯例角度
默认规则
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及建设工程行业惯例，若合同未明确约定工程款是否含税，一般视为不含税价，税费需由发包方另行支付。例如，合同仅约定“工程总价100万元”，未标注“含税”或“不含税”，则承包方有权要求发包方额外支付对应税额。
明确约定优先
若合同中清晰标注“含税价”或“不含税价”，则按约定执行。例如：
- 注明“总价100万元（含9%增值税）”，则工程款已包含税额，承包方无需额外开票；
- 注明“总价100万元（不含税）”，则发包方需按税率（如9%）支付税额，实际支付总额为109万元。
二、关键影响因素
计税方式差异
- 一般计税法：税率通常为9%，适用于一般纳税人；
- 简易计税法：征收率3%，适用于小规模纳税人或特定项目（如清包工、甲供工程）。
计税方式直接影响含税与不含税的价差，需在合同中明确约定适用方式。
发票类型要求
- 若发包方要求增值税专用发票（用于抵扣进项税），则合同价款通常包含税额；
- 若仅需普通发票或无明确要求，则需结合合同条款判断是否含税。
行业特殊规定
部分地方政府或行业协会可能对特定工程类别有强制性计价规范（如市政工程、保障房项目），需核查当地政策是否要求含税计价。
三、实务操作建议
合同条款审查
- 明确标注“含税/不含税”及适用税率（如“总价100万元，含9%增值税”）；
- 列明发票类型（专票/普票）、开具时间及违约责任（如逾期开票的违约金）。
税务合规管理
- 承包方需确保报价符合自身纳税身份（一般纳税人/小规模纳税人），避免因税率适用错误引发纠纷；
- 发包方应核实承包方资质及发票真实性，避免因虚开发票承担连带责任。
争议解决机制
- 约定因税费调整导致成本变动的处理方式（如调价公式：含税价=不含税价×（1+税率））；
- 保留完整的税务凭证（如完税证明、发票）及沟通记录（如邮件、会议纪要），以备纠纷时举证。
四、示例说明
假设某工程合同总价为100万元，分两种情况计算：
- 若约定为含税价（9%）：
- 实际工程款（不含税）=100万÷（1+9%）≈91.74万元；
- 税额=100万-91.74万≈8.26万元。
- 若约定为不含税价（9%）：
- 税额=100万×9%=9万元；
- 发包方共支付=100万+9万=109万元。
提示：为避免纠纷，建议双方在签约前明确约定工程款是否含税，并细化税务责任条款。若您已遇到此类纠纷，可直接向我咨询具体解决方案。