结论：员工在厂里上三天班后眼睛疼模糊，是否算工伤不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

一、工伤认定的一般标准

根据《工伤保险条例》第十四条，职工有下列情形之一的，应当认定为工伤：

1. 在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的：若员工眼睛疼模糊是由于工作环境中存在有害物质（如化学物质、粉尘等）或工作强度过大（如长时间盯着电脑屏幕、进行精细操作等）导致，且这种伤害是在工作时间和工作场所内发生的，那么有可能被认定为工伤。
2. 工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的：如果员工眼睛疼模糊是在工作时间前后，因从事与工作有关的预备性或收尾性工作（如准备工具、清理工作现场等）而导致的，同样有可能被认定为工伤。
3. 患职业病的：若员工眼睛疼模糊是由于长期接触某种职业性有害因素而导致的职业病（如职业性眼病），且该职业病已被列入国家规定的职业病目录，那么应当被认定为工伤。但此情况通常需要较长时间的暴露史，仅上三天班就确诊职业病的情况较为罕见。

二、需排除的非工伤情形

根据《工伤保险条例》第十六条，职工符合本条例第十四条、第十五条的规定，但是有下列情形之一的，不得认定为工伤或者视同工伤：

1. 故意犯罪的：若员工眼睛疼模糊是由于故意犯罪行为导致的，如自伤自残等，那么不得认定为工伤。
2. 醉酒或者吸毒的：若员工在工作时间或工作场所内因醉酒或吸毒导致眼睛疼模糊，同样不得认定为工伤。
3. 自残或者自杀的：若员工眼睛疼模糊是由于自残或自杀行为导致的，也不得认定为工伤。

三、具体建议

1. 及时就医并保留证据：员工应尽快就医，并保留好医疗记录、诊断证明等证据，以便后续申请工伤认定时使用。
2. 向用人单位报告：员工应及时向用人单位报告自己的受伤情况，并要求用人单位协助申请工伤认定。
3. 申请工伤认定：若用人单位未在规定时间内提出工伤认定申请，员工或其近亲属、工会组织可以在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

进一步思考：在申请工伤认定过程中，员工可能需要提供与工作相关的证据，如工作记录、工作环境照片、同事证言等，以证明眼睛疼模糊与工作之间的关联性。同时，员工也应了解自己的权益和义务，积极配合工伤认定和赔偿程序。

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