结论前置：违法缴纳和合法缴纳的社保不会一起扣，二者在性质、处理方式及法律后果上均存在本质区别，需分情况处理。以下是具体分析：

1. 合法缴纳的社保受法律保护，不会被“扣除”
   根据《社会保险法》第六十条，用人单位和职工必须依法缴纳社保，其中职工个人缴纳部分由单位代扣代缴，但单位需将代扣款项全额上缴社保机构。合法缴纳的社保费用（包括个人和单位部分）均进入个人社保账户，用于计算养老金、医疗报销等权益，不存在被“扣除”的情形。例如，职工每月工资中扣除的养老保险个人部分，会累计计入个人账户，退休时按公式计算养老金。

2. 违法缴纳的社保需分情况处理，但不会与合法部分混同
   违法缴纳社保通常指两种情形：

   • 单位未足额缴纳：如未按职工实际工资基数缴纳社保，仅按最低基数缴纳。此时社保机构会责令单位补缴差额（包括单位应缴部分和职工个人应缴但未扣的部分），但补缴的款项仍会分别进入单位和职工的社保账户，不会从已合法缴纳的部分中扣除。
     
   • 单位虚构劳动关系参保：如通过伪造材料为非员工缴纳社保。此时社保机构会撤销违规参保记录，已缴纳的社保费用（包括单位和个人部分）可能被要求退还至财政账户，但与职工本人合法缴纳的社保无关（若职工本人不知情且未获利，通常无需承担责任）。

3. 特殊情形：职工个人违法代缴社保的后果
   若职工通过挂靠单位、虚构劳动关系等方式自行缴纳社保（如无业人员冒充单位员工参保），属于违法行为。此时社保机构会撤销参保记录，已缴纳的费用可能被没收或退还，但不会影响其其他合法缴纳的社保记录（如职工在正规单位工作期间正常缴纳的社保）。

总结建议：社保缴纳的合法性直接影响权益，若发现单位未足额缴纳或自己可能涉及违法参保，建议：

1. 保留工资条、社保缴费记录等证据；
   
2. 向当地社保机构投诉单位违法行为（如未足额缴纳）；
   
3. 若因个人违法参保被调查，如实说明情况并配合处理，避免扩大损失。
   

如有具体案例或疑问，可进一步向我咨询社保法律问题。