结论前置：发包人未经竣工验收擅自使用建设工程后，工期违约条款的效力问题需分情况讨论，但通常来说，擅自使用行为本身并不直接导致工期违约条款无效，但可能影响违约责任的认定和承担。
一、工期违约条款的基本效力
工期违约条款是建设工程施工合同中关于工期延误时违约责任承担的约定。在合同有效且未违反法律法规强制性规定的情况下，工期违约条款对双方均具有法律约束力。因此，在正常情况下，工期违约条款是有效的，双方应按照约定履行各自的义务。
二、发包人擅自使用对工期违约条款的影响
擅自使用行为的性质：
- 发包人未经竣工验收擅自使用建设工程，违反了《中华人民共和国建筑法》第六十一条和《建设工程质量管理条例》第十六条、第五十八条的规定，属于违法行为。
- 擅自使用行为可能表明发包人对工程质量的认可（尽管这种认可在法律上不被承认），但并不改变工期违约条款本身的效力。
对工期违约责任认定的影响：
- 擅自使用行为本身并不直接导致工期违约条款无效，但可能影响违约责任的认定。例如，如果发包人因擅自使用而导致工程出现质量问题，进而要求承包人承担返工、修复等责任，而承包人能证明这些问题是由于发包人擅自使用造成的，那么承包人可能免除或减轻相应的违约责任。
- 另一方面，如果工期延误是由于承包人原因造成的，且发包人擅自使用行为并未改变工期延误的事实，那么承包人仍应按照工期违约条款的约定承担违约责任。
法律后果的承担：
- 发包人擅自使用未经验收的工程后，对其使用的部分出现的质量问题应自行承担责任（但承包人仍需在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量负责）。
- 如果工期延误与发包人擅自使用行为无关，且承包人存在违约行为，那么发包人仍有权依据工期违约条款要求承包人承担违约责任。
三、合规建议
- 严格遵守法律法规：发包人应充分了解并遵守关于建筑工程竣工验收的法律法规，确保工程按照规定的程序进行验收，避免擅自使用未经验收的工程。
- 明确合同条款：在建设工程施工合同中，应明确约定工期违约条款的具体内容，包括违约责任的认定、承担方式等，以减少争议和纠纷的发生。
- 加强沟通与监督：发包人和承包人之间应加强沟通与合作，共同确保工程质量，及时完成竣工验收工作。如果发生工期延误或质量问题，应及时协商解决，避免矛盾升级。
四、特殊情况下的考虑
- 如果合同中明确约定了发包人擅自使用工程后工期违约条款自动失效或变更的条款，那么应按照合同约定执行。
- 如果发包人擅自使用行为导致工程无法继续施工或造成其他严重后果，那么可能涉及合同解除或变更等问题，此时工期违约条款的效力可能受到进一步影响。但这种情况需要具体分析合同条款和实际情况。
总结：发包人未经竣工验收擅自使用建设工程后，工期违约条款的效力并不直接受到影响。但擅自使用行为可能改变违约责任的认定和承担方式。因此，在处理此类纠纷时，应综合考虑合同条款、法律法规以及实际情况等因素进行判断。如有具体法律问题，可直接向我咨询。