结论前置：关于建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的行政处罚时效问题，首先需明确的是，行政处罚的时效并非针对“擅自使用”这一行为本身的持续时间，而是指行政机关发现违法行为并作出行政处罚的期限。一般来说，行政处罚的时效为两年，但具体到建设工程领域，擅自使用的行为一旦被发现，行政机关将依法进行处罚，不受两年时效的严格限制（若违法行为处于连续或继续状态，则从行为终了之日起计算时效），不过仍需及时处理以避免法律风险。以下是对该问题的详细分析：

一、行政处罚的时效规定

根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。”

在建设工程领域，发包人未经竣工验收擅自使用的行为，虽然可能不直接涉及公民生命健康安全或金融安全，但一旦被发现，行政机关将依法进行处罚，且该处罚不受两年时效的严格限制（若该行为持续存在，则时效从行为终了之日起计算）。这是因为擅自使用未经竣工验收的建设工程，可能带来严重的安全隐患和质量问题，需要行政机关及时介入和处罚。

二、擅自使用的法律后果

1. 行政处罚：

   • 根据《建设工程质量管理条例》第五十八条，建设单位未组织竣工验收，擅自交付使用的，将被责令改正，并处以工程合同价款2%以上4%以下的罚款；造成损失的，还需承担赔偿责任。

2. 质量责任划分：

   • 擅自使用后，除地基基础和主体结构外，工程质量问题原则上由建设单位承担责任。这是因为建设单位在未经竣工验收的情况下擅自使用工程，被视为对工程质量的认可。

3. 安全风险：

   • 未经竣工验收的工程可能存在安全隐患，导致人员伤亡和财产损失。建设单位需承担相应的赔偿责任，并可能面临刑事责任（如工程重大安全事故罪）。

三、合规建议

1. 严格履行验收程序：

   • 建设单位应按照法定流程组织勘察、设计、施工、监理等单位进行联合验收，确保工程符合质量标准后再投入使用。

2. 避免擅自使用：

   • 即使部分区域已完工，也需整体验收后再投入使用。避免“边验边用”或“局部使用”等违规行为。

3. 保留书面证据：

   • 确保验收文件齐全，包括竣工验收报告、质量保修书等。这些文件是证明工程合法合规投入使用的重要依据。

4. 及时咨询法律意见：

   • 如在验收或使用过程中遇到法律问题或纠纷，应及时向我咨询，以便及时采取措施维护自身权益。

总结与提醒：建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的行为将面临严重的法律后果和风险。行政机关一旦发现该行为，将依法进行处罚，且处罚不受两年时效的严格限制（若行为持续存在）。因此，建设单位应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保工程经过正规的竣工验收程序后再投入使用。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。