发包人未经竣工验收擅自使用后，竣工资料的处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 竣工资料仍需由承包人整理并提交，但发包人擅自使用行为可能影响资料提交的具体要求及责任划分
   根据《民法典》第七百九十九条及《建设工程质量管理条例》第十六条，竣工验收是发包人的法定义务，而竣工资料（包括竣工图、质量保证文件、施工记录等）的整理与提交是承包人的合同义务。即使发包人未经验收擅自使用工程，承包人仍需按合同约定或行业规范完成竣工资料的编制工作。但需注意：

   • 若合同明确约定“发包人擅自使用后，承包人仅需提交基础资料”或“免除部分资料提交义务”，则按合同执行；
     
   • 若无特别约定，承包人仍需提交完整资料，但发包人擅自使用行为可能被认定为对工程质量的认可（依据《建设工程司法解释一》第九条），此时若发包人以资料不全为由拒付工程款，法院可能不予支持，但承包人仍需承担资料缺失的行政责任（如被建设主管部门处罚）。

2. 发包人擅自使用后，竣工资料的提交期限可能因实际使用情况调整
   若发包人已实际使用工程，承包人可主张以“发包人使用日”作为资料提交的起算点（而非原合同约定的验收合格日），但需满足以下条件：

   • 承包人已书面催告发包人验收，且发包人拒绝或拖延；
     
   • 发包人使用行为导致部分资料无法补制（如隐蔽工程验收记录因覆盖无法复原），此时承包人需提交替代性证明材料（如施工日志、监理见证记录等）；
     
   • 若发包人使用后要求承包人补充资料，承包人有权要求发包人承担额外费用（如差旅费、人工费等）。

3. 若承包人拒不提交资料，发包人可通过法律途径解决，但需注意风险
   发包人擅自使用后，若承包人以“发包人违约”为由拒交资料，发包人可：

   • 依据《民法典》第五百七十七条起诉承包人继续履行合同，提交资料；
     
   • 若工程已办理移交手续，发包人可自行委托第三方编制资料，费用由承包人承担（需在合同中明确约定）；
     
   • 风险提示：若发包人使用工程后出现质量问题，且因承包人未提交资料导致无法追溯责任，法院可能酌情减轻承包人责任，发包人需自行承担部分损失。

实务建议：

• 对承包人：在合同中明确“发包人擅自使用后的资料提交范围及期限”，并留存催告验收的书面证据；
  
• 对发包人：使用工程前应签署《擅自使用确认书》，明确资料提交的最终期限及违约责任，避免后续纠纷。
  

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