结论：发包人擅自投入使用建设工程，通常会被视为该工程已竣工验收合格，这一规定主要基于《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关条款。以下是对此问题的详细分析：

一、法律规定

根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第九条：“当事人对建设工程实际竣工日期有争议的，人民法院应当分别按照以下情形予以认定：……（三）建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。” 这一条款实际上隐含了发包人擅自使用建设工程即视为该工程已竣工验收合格的意思。因为，如果发包人未经竣工验收就擅自使用建设工程，那么其再以工程未经验收为由主张工程不合格或拒绝支付工程款，将缺乏法律依据。

二、法律后果

1. 视为竣工验收合格：发包人擅自使用建设工程后，该工程即被视为已竣工验收合格。这意味着，发包人不能再以工程存在质量问题为由拒绝支付工程款或要求承包人承担修复责任，除非承包人同意或法律另有规定。

2. 风险转移：在发包人擅自使用建设工程后，工程的风险（如因自然灾害、意外事件等造成的损失）也相应转移给发包人。这是因为，发包人作为工程的使用者，已经实际控制了工程，并享受了工程带来的利益。

3. 保修责任：尽管发包人擅自使用建设工程被视为竣工验收合格，但承包人仍需按照合同约定或法律规定承担保修责任。这是因为，保修责任是承包人对工程质量的一种长期承诺，与工程是否经过竣工验收无关。

三、实务建议

1. 对于发包人：在建设工程未经竣工验收前，发包人应避免擅自使用工程。如果确实需要提前使用，应与承包人协商并签订书面协议，明确双方的权利和义务，以及可能产生的法律后果。

2. 对于承包人：在发现发包人擅自使用建设工程后，应及时与发包人沟通并保留相关证据（如照片、视频等），以备在后续纠纷中证明发包人的行为。同时，承包人仍需按照合同约定或法律规定履行保修责任。

3. 在纠纷解决中：如果双方因发包人擅自使用建设工程而产生纠纷，应首先通过协商解决。如果协商不成，可以向人民法院提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，双方应提供充分的证据来支持自己的主张。

四、特殊情况

当然，也存在一些特殊情况。例如，如果发包人能够证明其在擅自使用建设工程前已经发现了质量问题，并采取了合理的措施进行防范（如设置警示标志、限制使用范围等），那么其可能不需要承担全部的法律后果。但这种情况需要具体分析，并由人民法院或仲裁机构根据实际情况进行裁决。

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