对建设单位未取得施工许可证擅自施工的进行处罚的时效，通常遵循行政处罚的一般时效规定。

一. 处罚时效的法律依据

• 依据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政处罚的时效通常是自违法行为发生之日起两年内。如果违法行为在两年内未被行政机关发现，那么之后通常就不会再对其进行处罚，除非法律另有特别规定。

二. 具体应用

• 在本案例中，如果建设单位未取得施工许可证擅自施工，且这一违法行为在两年内被建设行政主管部门发现，那么该部门有权依法对其进行处罚，包括责令改正、责令停止施工以及处以罚款等。
• 如果这一违法行为超过两年才被发现，且没有其他特别法律规定延长处罚时效，那么建设行政主管部门通常就不能再对其进行处罚。

三. 实际操作中的考虑

• 值得注意的是，处罚时效的计算可能会受到多种因素的影响，如违法行为的持续性、是否存在隐瞒或逃避检查的行为等。因此，在具体案件中，建设行政主管部门会根据实际情况来判断是否超过处罚时效。

我建议，建设单位应严格遵守相关法律法规，确保在取得施工许可证后再进行施工，以避免可能面临的法律风险和处罚。如有进一步需要，您可以继续咨询我。