1. 关于能否主张延长工期违约金的核心结论： 在房屋建设项目中，如果发包人未经竣工验收已擅自使用，一般情况下，承包人难以再主张延长工期违约金。这是因为发包人的擅自使用行为，在法律上通常被视为对工程质量的认可（尽管这种认可可能存在争议，且不免除承包人在质量保修期内的责任），同时也意味着发包人放弃了因工期延误而追究承包人违约责任的权利（至少在擅自使用之后的部分）。

2. 法律背景与深度分析：

   • 擅自使用的法律后果：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》等相关规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。这一规定明确了擅自使用的法律效果，即工程被视为已竣工，且竣工日期为发包人擅自使用之日。
   • 工期违约金的性质：工期违约金是承包人因未能按合同约定的工期完成工程而需向发包人支付的赔偿。其目的在于补偿发包人因工期延误而可能遭受的损失。
   • 擅自使用与工期违约金的关系：发包人擅自使用工程，通常意味着其已接受了工程现状，包括可能的工期延误。在此情况下，再要求承包人支付工期违约金，可能缺乏法律依据和合理性。因为发包人的擅自使用行为，在某种程度上已经“默认”了工期的现状，或者至少放弃了因工期延误而追究承包人责任的权利。

3. 可能的例外情况与建议：

   • 例外情况：虽然一般情况下承包人难以主张延长工期违约金，但如果存在特殊情况，如发包人擅自使用后才发现工程存在严重质量问题，且该质量问题与工期延误有直接关联，那么承包人可能仍有权主张一定的赔偿或抗辩。但这种情况较为罕见，且需要具体证据支持。
   • 建议：对于承包人而言，在面临发包人擅自使用工程的情况时，应谨慎评估是否还有必要主张延长工期违约金。如果确实存在争议或潜在风险，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的法律策略。

4. 后续行动与注意事项：

   • 保留证据：无论承包人是否决定主张延长工期违约金，都应妥善保留与工程相关的所有证据，包括合同、图纸、变更通知、验收记录等。这些证据在后续可能发生的法律纠纷中至关重要。
   • 沟通协商：在可能的情况下，承包人应与发包人进行积极沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。这有助于减少法律纠纷的发生，降低双方的成本和风险。

综上所述，虽然发包人未经竣工验收擅自使用工程后，承包人一般难以再主张延长工期违约金，但具体情况仍需根据法律条款和实际证据进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。