结论：法院判决不按合同约定处理开发商竣工验收文件逾期违约问题，并不一定违法。这取决于合同条款的合法性、法院对合同条款的解释以及案件的具体情况。
分析如下：
合同条款的合法性：
- 首先，需要审查合同中关于竣工验收文件逾期违约的条款是否合法。如果合同条款违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么这些条款可能是无效的。在这种情况下，法院有权不按照无效的合同条款进行判决。
法院对合同条款的解释：
- 即使合同条款本身合法，法院在解释这些条款时也可能存在不同的理解。法院会根据合同的目的、交易习惯、诚实信用原则等因素，对合同条款进行合理解释。如果法院认为按照合同约定处理会导致不公平、不合理的结果，或者与合同目的相悖，那么法院可能会选择不按照合同约定进行判决。
案件的具体情况：
- 每个案件都有其独特的事实和背景。在处理开发商竣工验收文件逾期违约问题时，法院会考虑多种因素，如逾期的原因、逾期的时间长度、对另一方造成的影响等。如果法院认为按照合同约定处理不符合案件的具体情况，或者会导致显失公平的结果，那么法院可能会选择不按照合同约定进行判决。
法律建议：
- 审查合同条款：如果你认为法院的判决不公正，首先应审查合同中关于竣工验收文件逾期违约的条款是否合法、明确，并考虑是否存在可以解释的空间。
- 收集证据：收集与案件相关的所有证据，包括合同、往来函件、会议纪要、验收报告等，以证明你的主张。
- 考虑上诉或申诉：如果你认为法院的判决确实存在错误，可以考虑在法定期限内提起上诉或申诉，寻求更高一级法院的审查。
可能后果：
- 如果法院的判决是基于合同条款的无效、不合理的解释或案件的具体情况而作出的，那么这种判决可能是合法的，你应接受并履行判决结果。
- 如果你认为判决存在错误并成功提起上诉或申诉，更高一级法院可能会撤销原判决并作出新的判决，这可能会对你产生有利或不利的影响，具体取决于新判决的内容。
进一步思考：
- 在签订合同时，应尽可能明确、具体地约定竣工验收文件逾期违约的责任和后果，以减少未来可能产生的纠纷。
- 在处理类似纠纷时，应积极与对方协商，寻求和解或调解的可能性，以降低诉讼成本和风险。
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