结论前置：员工工资全部发清后，若被告到劳动仲裁要求赔偿，是否需要赔偿取决于员工主张赔偿的具体理由及证据情况。以下从不同角度进行分析：
一、员工主张赔偿的常见理由及法律分析
违法解除或终止劳动合同
- 法律背景：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位违法解除或终止劳动合同的，应当向劳动者支付赔偿金，赔偿金的标准为经济补偿标准的二倍。
- 分析：若员工主张用人单位违法解除或终止劳动合同，并提供了相应证据（如解除劳动合同通知书、录音录像等），而用人单位无法证明解除或终止行为的合法性，则可能面临支付赔偿金的风险。但在此情况下，工资是否发清并不影响赔偿金的支付，因为赔偿金与工资是两个独立的法律概念。
未依法支付经济补偿
- 法律背景：在特定情况下（如用人单位提出并与劳动者协商一致解除劳动合同、用人单位因经济性裁员等原因解除劳动合同等），用人单位应当向劳动者支付经济补偿。
- 分析：若员工主张用人单位未依法支付经济补偿，并提供了相应证据（如解除劳动合同协议、工资条等），而用人单位确实未支付或支付不足，则可能面临补足经济补偿或支付赔偿金（若逾期不支付）的风险。但同样，工资是否发清并不影响经济补偿的支付。
其他违法行为
- 法律背景：如用人单位存在未依法为劳动者缴纳社会保险费、未提供劳动保护或劳动条件、强迫劳动等违法行为，劳动者有权要求用人单位承担相应的法律责任。
- 分析：若员工主张用人单位存在其他违法行为，并提供了相应证据，而用人单位确实存在违法行为，则可能面临支付赔偿金、补缴社会保险费等法律责任。这些责任与工资是否发清同样无关。
二、用人单位的应对策略
核实员工主张
- 建议：用人单位在收到劳动仲裁通知后，应首先核实员工主张的事实和理由，包括员工主张的赔偿项目、金额及依据等。
收集证据
- 建议：用人单位应积极收集与员工主张相关的证据，如劳动合同、工资条、解除劳动合同通知书、考勤记录等，以证明自己的行为合法合规。
积极应诉
- 建议：用人单位在劳动仲裁过程中应积极应诉，按照仲裁机构的要求提交证据、参加庭审等，以维护自己的合法权益。
三、可能的法律后果
- 若用人单位败诉：用人单位可能需要按照仲裁裁决的结果向员工支付赔偿金、补足经济补偿或承担其他法律责任。
- 若用人单位胜诉：则无需承担员工主张的赔偿责任，但可能需要承担一定的仲裁费用等。
进一步思考：在处理此类劳动纠纷时，用人单位应注重与员工的沟通协商，尽量通过和解或调解的方式解决纠纷，以降低诉讼成本和时间成本。同时，用人单位也应加强内部管理，规范用工行为，避免类似纠纷的再次发生。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。