工程未经验收但甲方已投入使用，并不直接等同于法律上的验收合格。以下是对此问题的详细分析：
一、法律原则与规定
《建筑法》的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第六十一条，建筑工程必须竣工验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。这是法律的强制性规定，旨在确保建筑工程的安全性和合规性。
司法解释的解读：
- 最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十三条指出，发包人擅自使用未经竣工验收的工程，视为其认可工程质量合格或同意对工程发生的质量问题自担责任。但这一规定并不意味着工程在法律上已被正式验收合格，而是表明发包人接受了工程现状，并愿意承担由此可能带来的风险和后果。
二、法律后果与责任划分
视为认可与自担风险：
- 甲方（发包人）擅自使用未经验收的工程，虽然不直接视为验收合格，但在一定程度上表明其对工程现状的接受，并自愿承担由此可能带来的风险和后果。对于已使用部分工程的质量问题，甲方难以再向承包人主张权利。
承包人的持续责任：
- 承包人仍需在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。这是因为这些关键部位的质量直接关系到整个工程的安全性和稳定性，不受甲方擅自使用的影响。
- 对于未使用部分的工程质量，承包人同样需承担责任。
特殊情况下的责任判定：
- 如果工程存在质量问题，且有充分证据证明该问题与甲方的擅自使用行为无关，承包人仍需对该质量问题承担责任。
- 对于涉及公共安全、环境保护等特殊领域的建设工程，即使甲方擅自使用，也不能简单视为验收合格。相关部门有权依法进行监督检查，并要求正式的竣工验收。
三、法律风险与建议
法律风险：甲方未经验收即投入使用，可能面临工程质量纠纷、维修责任划分不清等法律风险。此外，还可能面临行政处罚，如根据《建设工程质量管理条例》第五十八条，未组织竣工验收擅自交付使用的，建设单位将被责令改正，并处工程合同价款2％以上4％以下的罚款；造成损失的，还需依法承担赔偿责任。
建议：为避免上述风险，建议甲方严格遵守法律法规，待工程验收合格后再投入使用。这样不仅能确保工程质量和安全性，还能有效维护自身合法权益。如果因特殊原因需要提前使用工程，应与承包人协商并签订相关协议，明确双方的权利和义务。
综上所述，工程未经验收即投入使用，并不直接视为验收合格。甲方应充分了解相关法律后果和责任划分，谨慎行事以避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。