结论：甲方使用工程并不直接视为验收合格。以下是对此问题的详细分析：
一、法律原则与规定
强制性规定：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第六十一条第二款，建筑工程必须竣工验收合格后，方可交付使用；未经验收或验收不合格的，不得交付使用。这是法律的强制性规定，确保了建筑工程的安全性和合规性。
- 《建设工程质量管理条例》第十六条也明确规定，建设工程经验收合格的，方可交付使用。这进一步强调了验收合格是工程交付使用的必要条件。
司法解释：
- 最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第九条指出，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。但这并不意味着工程质量问题被豁免，也不意味着工程在法律上已被正式验收合格。
二、法律后果与责任划分
视为认可与自担风险：
- 甲方擅自使用未经验收的工程，虽然不直接视为验收合格，但在一定程度上表明其对工程现状的接受，并自愿承担由此可能带来的风险和后果。对于已使用部分工程的质量问题，甲方可能难以再向承包人主张权利。
承包人的持续责任：
- 承包人仍需在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。这是因为这些关键部位的质量直接关系到整个工程的安全性和稳定性，不受甲方擅自使用的影响。
- 对于未使用部分的工程质量，承包人同样需承担责任。
特殊情况下的责任判定：
- 如果工程存在质量问题，且有充分证据证明该问题与甲方的擅自使用行为无关，承包人仍需对该质量问题承担责任。
- 对于涉及公共安全、环境保护等特殊领域的建设工程，即使甲方擅自使用，也不能简单视为验收合格。相关部门有权依法进行监督检查，并要求正式的竣工验收。
三、实际案例与分析
在实际案例中，即使甲方已经使用了未经验收的项目，这也不能作为验收合格的依据。例如，在某建设工程施工合同纠纷案件中，法院明确指出：“涉案工程虽由发包人占有使用，但双方并未就工程进行竣工验收，亦未办理交接手续，故不能认定该工程已经验收合格。”这一判决体现了法律对验收程序的严格要求。
四、法律风险与建议
- 法律风险：甲方未经验收即投入使用，可能面临工程质量纠纷、维修责任划分不清等法律风险。此外，还可能因违反相关法律法规而面临行政处罚。
- 建议：为避免上述风险，建议甲方严格遵守法律法规，待工程验收合格后再投入使用。同时，在工程合同中应明确竣工验收的具体条款和程序，以及擅自使用工程的法律责任和后果。
综上所述，甲方使用工程并不直接视为验收合格。为确保工程质量和安全性，以及有效维护自身合法权益，甲方应严格遵守相关法律法规和合同条款，待工程验收合格后再投入使用。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。