工程未经验收但已投入使用，质保期应从工程转移占有之日起计算。以下是详细分析：
一. 质保期的法律规定
根据《建设工程质量管理条例》第四十条，建设工程的最低保修期限有明确的规定：
- 基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程：保修期限为设计文件规定的该工程的合理使用年限。
- 屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏：保修期限为5年。
- 电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程：保修期限为2年。
- 其他项目：保修期限由发包方与承包方约定。
同时，该条例明确规定了建设工程的保修期自竣工验收合格之日起计算。
二. 工程未经验收但已投入使用的情况
- 法律规定：根据《中华人民共和国建筑法》第六十一条和《中华人民共和国民法典》第七百九十九条，建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。然而，在实际操作中，确实存在部分工程未经验收即投入使用的情况。
- 法律后果：对于此类情况，一般理解为发包人擅自使用未经竣工验收的工程，应视为其对工程质量的认可，或者视为工程已经竣工。因此，部分免除承包人的质量责任，发包人就擅自使用部分除地基基础和主体结构以外的质量问题承担责任。
三. 质保期的计算
- 合同约定优先：若发包人与承包人在合同中明确约定了质保期的起算时间，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则应按照合同约定执行。
- 无约定或约定不明确的情况：若合同中没有明确约定，或者约定不明确，且工程已经实际投入使用，则应参照相关法律法规的规定，以及行业惯例和公平原则，合理确定质保期的起算时间和保修期限。
- 实际竣工日期：自工程转移占有之日，可视为实际竣工日期，质保期应从此时开始计算。
四. 实际操作建议
- 协商约定：我建议发包人与承包人在工程竣工验收前，就质保期的相关事宜进行充分协商，并在合同中明确约定，以避免后续产生纠纷。
- 法律责任：对于未经验收即投入使用的工程，发包人应承担相应的法律责任和风险。
综上所述，工程未经验收但已经投入使用的情况下，质保期的计算应综合考虑法律法规的规定、合同约定以及实际情况等因素。如有进一步需要，您可以继续咨询我。