结论：在甲方已经在用设备但未签署验收文件的情况下，设备是否进入质保期不能一概而论，需结合合同约定、设备实际使用情况及行业惯例等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先

• 关键点：若合同中明确约定了验收流程及质保期起算时间（如“验收合格后进入质保期”或“设备交付后XX日自动视为验收合格并进入质保期”），则应严格遵循合同约定。
• 示例：若合同规定“甲方签收设备后7日内未提出异议，视为验收合格，质保期自验收合格之日起计算”，则即使甲方未签署验收文件，但实际使用且未提出异议，可能被认定为验收合格，质保期随之起算。
• 建议：立即核查合同条款，尤其是关于验收、质保期起算及异议期的约定。若合同有明确规定，可据此主张权利或防范风险。

2. 实际使用与验收的关系

• 关键点：若合同未明确约定验收流程，但甲方已实际使用设备且未提出质量问题，可能被视为“默示验收”。此时，质保期可能自实际使用之日起计算。
• 法律依据：根据《民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款等未约定或约定不明的，可协议补充；不能达成补充协议的，按合同相关条款或交易习惯确定。
• 风险：若甲方以“未签署验收文件”为由否认验收，可能引发纠纷。需收集设备使用记录、沟通记录等证据，证明甲方已实际接受设备。

3. 行业惯例与公平原则

• 关键点：若合同及实际使用情况均无法明确验收时间，可参考行业惯例或公平原则判断。例如，设备已稳定运行一段时间且无质量问题，可能被认定为验收合格。
• 示例：在建设工程领域，若设备已投入使用且甲方未在合理期限内提出异议，法院可能依据公平原则认定质保期已起算。
• 建议：若行业内有通用验收流程或标准，可引用作为辅助证据；同时强调甲方未在合理期限内提出异议，符合公平原则。

4. 法律后果与应对策略

• 若甲方主张未验收：需核查合同是否约定验收异议期，若甲方未在约定期限内提出异议，可主张其丧失权利；若合同无约定，需证明甲方已实际使用且无质量问题。
• 若乙方主张已验收：需提供设备交付记录、使用记录、沟通记录等证据，证明甲方已接受设备；同时可引用合同条款或行业惯例支持主张。
• 建议：无论处于何种立场，均应尽快与甲方沟通，明确验收状态及质保期起算时间，并留存书面记录；若协商无果，可考虑通过法律途径解决。

总结：设备是否进入质保期需结合合同约定、实际使用情况及行业惯例综合判断。建议立即核查合同条款，收集相关证据，并与甲方沟通明确验收状态。如有进一步疑问或需法律帮助，可直接向我咨询。