结论：在设备未经验收而甲方却一直在使用的情况下，您要求他们停机是否合法，需视具体情况而定，但通常来说，若合同中有明确约定未经正式验收不得使用设备，且甲方使用行为违反该约定，则您有权要求停机；若合同无明确约定或甲方使用行为不构成根本违约，则直接要求停机可能缺乏充分法律依据。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 若建设工程合同中明确规定了设备必须经过正式验收后才能投入使用，且甲方在未经您同意的情况下擅自使用，这构成了对合同条款的违反。
- 在此情况下，您作为合同的一方，有权依据合同条款要求甲方停止使用设备，直至完成正式验收程序。
合同无明确约定或约定模糊：
- 若合同中未明确规定设备使用前的验收程序，或者规定较为模糊，则甲方使用设备的行为可能不构成违约。
- 在此情况下，您直接要求甲方停机可能缺乏充分的合同依据，需要进一步通过协商、补充协议或法律途径来解决。
二、法律后果角度
甲方使用行为构成根本违约：
- 如果甲方未经正式验收而使用设备，且该行为导致了设备损坏、工程质量问题或其他严重后果，可能构成根本违约。
- 在此情况下，您不仅有权要求甲方停机，还有权要求甲方承担违约责任，包括赔偿损失等。
甲方使用行为不构成根本违约：
- 如果甲方未经正式验收而使用设备，但并未导致严重后果，或者该行为对合同目的的实现影响不大，则可能不构成根本违约。
- 在此情况下，您直接要求甲方停机可能缺乏充分的法律依据，但可以通过协商、发出警告函或寻求法律救济等方式来维护自身权益。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 首先，您应仔细审查建设工程合同中的相关条款，特别是关于设备验收和使用的规定。
- 根据合同条款的具体内容，判断甲方使用设备的行为是否构成违约。
与甲方协商：
- 在发现甲方未经正式验收而使用设备后，您可以先尝试与甲方进行协商，要求其停止使用并完成正式验收程序。
- 协商过程中，您可以强调合同条款的重要性以及甲方行为可能带来的法律后果。
寻求法律救济：
- 如果协商无果，或者甲方拒绝停止使用设备，您可以考虑通过法律途径来维护自身权益。
- 这可能包括向法院提起诉讼、申请仲裁或发出律师函等。
总结与建议：在设备未经验收而甲方却一直在使用的情况下，您要求他们停机是否合法需视具体情况而定。建议您先审查合同条款，与甲方进行协商，并根据协商结果和合同条款的具体内容来决定是否采取进一步的法律行动。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。