在建设工程领域，若合同中未明确约定工程质保期，施工单位仍需依据《建设工程质量管理条例》规定的最低保修期限承担保修责任。双方亦可通过协商补充质保期条款，但约定的质保期不得低于法定最低期限。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规依据与最低保修期限
根据《建设工程质量管理条例》第四十条的规定，建设工程的最低保修期限如下：
基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程：保修期为设计文件规定的该工程的合理使用年限。例如，若某民用建筑设计合理使用年限为50年，则相关地基基础和主体结构工程的质保期也应为50年。
屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏：保修期为5年。这一规定旨在确保这些易渗漏部位在较长时间内得到质量保障，减少因渗漏问题对建筑物使用功能的影响。
供热与供冷系统：保修期为2个采暖期、供冷期。这有助于保障系统在投入使用初期的稳定运行，及时发现并解决潜在的质量问题。
电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程：保修期为2年。这一期限能够覆盖建筑物正常使用功能在一定时间内的质量安全需求。
二、双方协商补充质保期条款
尽管法律规定了最低保修期限，但发承包双方仍可根据工程的具体情况、特点和需求，通过协商签订补充协议，明确约定工程的质保期。在协商过程中，双方应充分考虑工程的性质、规模、复杂程度以及质保期间的实际情况等因素，确保约定的质保期既符合法律法规的要求，又能满足工程实际需要。值得注意的是，协商确定的质保期可以高于法律规定的最低期限，但不得低于该期限。例如，针对采用新材料、新技术的工程，双方可约定更长的质保期以更好地保障工程质量。
三、质保期的起算时间与保修责任
《建设工程质量管理条例》明确规定，建设工程的保修期自竣工验收合格之日起计算。若工程未经竣工验收，发包人擅自使用，则以转移占有建设工程之日为竣工日期，质保期也从该日起算。在质保期内，若工程出现质量问题，施工单位需承担相应的保修责任，无论合同中是否有明确约定。这包括修复质量问题、承担修复费用以及赔偿因质量问题给发包人造成的损失等。
四、实际案例与操作建议
案例：某商业综合体项目在竣工验收后，发包人发现屋面存在渗漏问题。由于合同中未明确约定质保期，发包人依据《建设工程质量管理条例》的规定，要求施工单位承担保修责任。施工单位在接到通知后，及时对屋面进行了修复，并承担了修复费用。
操作建议：
在签订工程合同时，双方应明确约定工程的质保期、保修责任和方式。这有助于避免未来可能出现的纠纷，并确保工程质量得到及时有效的保障。
在施工过程中，双方应严格遵守相关法律法规和合同约定。施工单位应确保工程质量符合设计要求和相关标准，发包人应按时支付工程款并配合施工单位进行质量检查和验收工作。
若合同中未约定质保期或约定不明确，双方应及时通过协商签订补充协议明确质保期。若无法达成一致意见，可依据《建设工程质量管理条例》的规定确定最低保修期限，并依法追究施工单位的保修责任。
综上所述，虽然工程合同中未约定质保期可能会带来一定不确定性，但依据相关法律法规，我们仍能确定最低的保修期限，并在出现问题时依法追究施工单位的责任。因此，在实际操作中，双方应充分了解并遵循相关规定，以确保工程质量的长期可靠。若您在建设工程领域遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。