企业因员工没有人事档案而取消其干部职务，这一做法通常是不合法的。以下从不同角度进行分析：
一、人事档案与干部职务的关联性
人事档案是记录个人学习、工作经历、政治面貌、品德作风等个人情况的文件材料，它对于个人求职、晋升、职称评定等方面具有重要意义。然而，人事档案并非决定员工职务的唯一或决定性因素。员工的职务安排通常基于其工作能力、业绩表现、岗位需求以及公司的内部规定等多方面因素综合考虑。
二、企业取消干部职务的合法性分析
合同约定角度：
- 如果员工与企业签订的劳动合同中明确规定了员工的职务以及职务变更的条件和程序，那么企业取消员工干部职务应当遵循合同约定。若合同中并未将人事档案作为职务变更的条件，则企业以此为由取消职务可能构成违约。
法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，企业应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。企业取消员工职务应当基于合法、合理的理由，并遵循公平、公正、公开的原则。若企业仅因员工没有人事档案而取消其干部职务，这一做法缺乏法律依据，可能构成对员工权益的侵害。
内部规定角度：
- 即使企业有内部规定要求员工必须具备人事档案才能担任干部职务，这一规定也应当符合法律法规的精神，且不得与劳动合同相冲突。如果内部规定本身存在不合理或违法之处，那么以此为依据取消员工职务同样是不合法的。
三、员工权益保护建议
审查劳动合同：
- 员工应首先审查自己与企业签订的劳动合同，了解合同中关于职务安排和变更的条款，以确定企业取消职务是否违反合同约定。
与企业沟通协商：
- 员工可以与企业进行沟通协商，了解企业取消职务的具体原因和依据，并尝试通过协商解决问题。
寻求法律援助：
- 如果企业坚持取消职务且理由不充分或违法，员工可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，也可以直接向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
综上所述，企业因员工没有人事档案而取消其干部职务的做法通常是不合法的。员工在面对此类情况时，应首先审查劳动合同，与企业沟通协商，并在必要时寻求法律援助以维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。