员工年假被用作调休是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
与员工协商一致：
- 根据《企业职工带薪年休假实施办法》第九条，用人单位应考虑职工本人意愿，统筹安排年休假。如果公司在放假前与员工进行了充分沟通并获得了员工的书面同意，将放假时间用年休假来抵充，这种做法是合法的。例如，公司业务淡季需要统一放假，提前召开员工大会说明情况并获得员工同意后实施，此做法符合法律规定。
符合年休假天数规定：
- 员工累计工作满1年不满10年，年休假5天；已满10年不满20年，年休假10天；已满20年，年休假15天。在法定情形下，如因不可抗力导致公司无法正常生产经营，公司可以在保障员工年休假权益的前提下，统筹安排员工休年休假。例如，自然灾害导致生产场地被破坏，公司可通知员工放假并使用年休假进行冲抵，这种安排通常被认可。
合理安排与提前通知：
- 公司应确保年休假的安排合理，且提前通知员工，以保障员工的休息权利和知情权。如果公司能够做到这一点，那么将年假用作调休也是合法的。
不合法情形
未协商强行安排：
- 如果公司未与员工进行任何协商，单方面决定将放假时间用年休假来冲抵，这违反了“考虑职工本人意愿”的规定，属于不合法行为。例如，公司突然通知员工放假，并直接告知算作年休假，员工没有表达意见的机会，这种做法侵犯了员工对年休假的自主安排权。
年休假天数不足仍强制使用：
- 当员工的年休假已经休完或剩余天数少于公司安排的放假天数时，公司仍强行用年休假来抵充放假时间，这也是不合法的。例如，员工全年年休假为5天，已休3天，还剩2天，但公司却安排其放假5天并全部按年休假处理，这超出了员工应享受的年休假范围，损害了员工的合法权益。
法定节假日安排调休：
- 根据《劳动法》第四十四条，法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，不得安排补休。因此，如果公司在法定节假日安排员工工作，并试图用年假来调休，这是不合法的。
员工权益保护建议
- 了解法律法规：员工应熟悉《劳动法》、《企业职工带薪年休假实施办法》等相关法律法规，了解自己的休假权益。
- 与公司协商：如认为公司扣减年假和调休行为不合法，可先与公司协商解决，表达自己的意见和诉求。
- 寻求法律帮助：协商不成时，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。如有需要，也可以直接向我咨询，我会提供专业的法律帮助。
综上所述，员工年假被用作调休的合法性取决于是否征得员工同意、是否合理安排、是否符合相关法律法规以及是否涉及法定节假日等因素。员工应了解自己的权益，并在遇到问题时采取适当措施维护自己的合法权益。