结论：公司拿年假抵扣休假是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司此举是否符合法律法规的规定以及劳动合同或公司规章制度的约定。
分析：
法律法规层面：
- 根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。年休假是职工依法享有的休息休假权利，公司应当保障职工的这一权利。
- 如果公司未经职工同意，单方面决定用年假抵扣其他类型的休假（如病假、事假等），或者在没有合法依据的情况下强制职工用年假抵扣，这种做法可能是不合法的。
劳动合同或公司规章制度层面：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了年假的使用方式，包括是否可以抵扣其他休假，以及抵扣的条件和程序等，那么公司按照这些规定执行可能是合法的。
- 但需要注意的是，这些规定必须符合法律法规的强制性要求，不能侵犯职工的合法权益。如果规定本身存在违法或不合理之处，那么公司依据这些规定执行也可能是不合法的。
具体操作层面：
- 在实际操作中，公司应当与职工进行充分沟通，明确告知年假的使用方式和抵扣规则，并征得职工的同意。
- 如果职工对公司的做法有异议，可以与公司进行协商，或者向劳动监察部门投诉，甚至通过法律途径维护自己的合法权益。
建议：
- 对于职工：如果公司提出用年假抵扣休假，应当仔细了解公司的规定和法律法规的要求，确保自己的权益不受侵犯。如果对公司的做法有疑问或不满，可以及时与公司沟通或寻求法律帮助。
- 对于公司：应当制定合法合理的年假使用规定和抵扣规则，并与职工进行充分沟通。在执行过程中，要尊重职工的意愿和权益，避免引发劳动纠纷。
可能后果：
- 如果公司未经职工同意单方面用年假抵扣休假，且该做法不符合法律法规或劳动合同的规定，职工有权向公司提出异议，并可能通过法律途径要求公司承担相应的法律责任，如支付未休年假的工资报酬等。
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