结论：单位合同中未选择标准工作制也未选择综合工作制，但单位申报了特殊工时审批，这一行为是否合法，需结合具体情况判断。若单位已依法获得特殊工时制的审批，则合同中的未明确选择不构成违法；若未获得审批，则可能涉及违法。

分析说明：

1. 特殊工时制的审批要求：

   • 根据相关法律法规，特殊工时制（如不定时工作制、综合计算工时工作制）并非单位可以自行决定实施的，而是需要经过劳动行政部门的审批。
   • 单位在申请特殊工时制时，需提交详细的申请材料，包括工作性质、岗位特点、工作时间安排等，以证明实施特殊工时制的必要性和合理性。

2. 合同中的工作制选择：

   • 劳动合同是双方协商一致的结果，其中应明确约定工作制（标准工时制、不定时工作制、综合计算工时工作制等）。
   • 若合同中未明确约定工作制，但单位已依法获得特殊工时制的审批，并按照审批的工作时间安排员工工作，则不构成违法。因为此时单位的工作制已得到劳动行政部门的认可，且员工的工作时间也符合审批要求。
   • 若合同中未明确约定工作制，且单位未依法获得特殊工时制的审批，却按照特殊工时制安排员工工作，则可能构成违法。因为此时单位的工作制未得到劳动行政部门的认可，员工的工作时间可能超出法定标准，侵犯了员工的合法权益。

3. 法律后果与建议：

   • 若单位未依法获得特殊工时制的审批，却擅自实施特殊工时制，员工有权向劳动行政部门投诉，要求单位纠正违法行为，并可能获得相应的赔偿。
   • 对于单位而言，应严格遵守法律法规，依法申请特殊工时制审批，并在合同中明确约定工作制，以避免法律风险。
   • 若员工发现单位存在违法行为，应及时收集证据，如工作记录、考勤记录等，以便在维权时提供有力支持。

进一步思考：

• 在实际操作中，单位应如何确保特殊工时制的合法实施？除了依法申请审批外，单位还应建立健全的工作时间管理制度，确保员工的工作时间符合审批要求，并定期进行自查和整改。
• 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工作制的约定。若合同中未明确约定工作制或约定不明确，员工有权要求单位进行明确或补充约定，以保障自己的合法权益。

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