结论：超过公休天数是否只扣全勤、不扣请假天数的工资，这并非一个固定的规则，而是取决于公司的具体规章制度以及劳动合同中的相关约定。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度：
- 许多公司会制定详细的考勤和薪酬管理制度，其中会明确规定公休天数、请假制度以及相应的工资扣除标准。
- 如果公司规章制度中明确规定，超过公休天数将只扣除全勤奖金，而不扣除请假天数的工资，那么员工在超过公休天数时，将只面临全勤奖金的扣除。
- 然而，如果公司规章制度中规定，超过公休天数将按照请假天数扣除工资，或者同时扣除全勤奖金和请假天数的工资，那么员工就需要承担相应的工资扣除。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与公司之间约定双方权利和义务的法律文件。
- 如果劳动合同中明确约定了超过公休天数的工资扣除方式，那么双方应按照劳动合同的约定执行。
- 例如，劳动合同可能规定，超过公休天数将按照一定比例扣除工资，或者只扣除全勤奖金而不扣除基本工资等。
法律法规依据：
- 在劳动法律法规中，并没有明确规定超过公休天数应如何扣除工资。
- 因此，这一问题的处理主要依赖于公司内部的规章制度和劳动合同的约定。
- 但需要注意的是，公司的规章制度和劳动合同约定不得违反法律法规的强制性规定，否则将被视为无效。
实际操作建议：
- 对于员工而言，在入职前应仔细阅读公司的规章制度和劳动合同，了解超过公休天数的工资扣除方式。
- 如果对公司的规章制度或劳动合同有疑问，应及时向公司人力资源部门或法律顾问咨询，以避免不必要的纠纷。
- 如果公司存在不合理的工资扣除行为，员工可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
举例说明：
假设某公司规章制度中规定，员工每月享有4天公休，超过公休天数将按照请假天数扣除工资，且全勤奖金为500元。如果某员工某月实际出勤天数为20天（假设该月应出勤天数为24天，其中4天为公休），那么该员工超过了公休天数0天（实际未超），应获得全勤奖金500元，工资按实际出勤天数计算。但如果该员工实际出勤天数为19天，超过了公休天数1天，且公司规定超过部分按请假处理，那么该员工可能面临全勤奖金的扣除以及1天工资的扣除（具体扣除方式需根据公司规定和劳动合同确定）。
总结与建议：
超过公休天数是否只扣全勤、不扣请假天数的工资，并没有一个统一的答案。它取决于公司的规章制度、劳动合同的约定以及法律法规的规定。因此，建议员工在入职前务必了解清楚公司的相关规定，并在劳动合同中明确约定相关条款，以避免后续纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。