结论：您在公司第一个车间工作两天的工时，原则上应当被计算在内，但具体是否计算还需依据公司规章制度、劳动合同或集体合同的约定，以及实际工作情况来确定。
分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者提供了正常劳动，用人单位应当支付相应的工资报酬。这里的“正常劳动”包括劳动者按照用人单位的安排，在指定的工作场所、工作时间完成的工作任务。
- 工时计算通常与工资支付紧密相关，劳动者有权获得其实际工作时间的相应报酬。
公司规章制度与合同约定：
- 公司内部的规章制度、劳动合同或集体合同中，可能会对工时的计算、工资的支付等有具体规定。如果这些规定中明确包含了类似“新入职员工在试用期内或调整岗位初期的工作时间不计入工时”的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能据此不计算这两天的工时。
- 然而，如果规章制度、劳动合同或集体合同中没有此类规定，或者规定不明确，那么公司应当按照劳动者实际提供的工作时间来计算工时并支付工资。
实际工作情况：
- 如果您在这两天内确实按照公司的安排进行了工作，并且完成了相应的任务，那么这两天的工作时间应当被计算在内。
- 如果公司无法提供证据证明您在这两天内没有提供正常劳动（例如，没有工作记录、没有任务分配等），那么公司应当支付这两天的工资。
建议：
- 与公司沟通：首先，您可以与公司的人力资源部门或直接上级进行沟通，了解公司对于这两天工时的具体计算方式，并询问是否有相关的规章制度或合同约定作为依据。
- 查看合同与制度：仔细查阅您的劳动合同、公司规章制度或集体合同，看是否有关于工时计算、工资支付的明确规定。
- 保留证据：如果可能的话，保留您在这两天内工作的相关证据，如工作记录、任务分配单、同事证言等，以备不时之需。
- 寻求法律援助：如果与公司沟通无果，或者您认为公司的做法违反了法律法规或合同约定，您可以考虑寻求法律援助或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
可能的法律后果：
- 如果公司无正当理由不计算这两天的工时并不支付相应工资，可能构成拖欠工资的违法行为，您有权要求公司支付拖欠的工资，并可能获得相应的经济补偿。
- 如果公司因此解除与您的劳动合同，且没有合法依据，您还有权要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。