针对您提出的“二年的劳动合同试用期三个月，如果试用期过了，用人单位违约怎么赔偿”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、试用期约定的合法性分析
根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的规定，劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月。因此，您所签订的二年劳动合同中约定三个月的试用期，明显超出了法定试用期的限制，属于违法行为。
二、用人单位违约的赔偿责任
基本赔偿原则：
用人单位违反规定与劳动者约定试用期的，若违法约定的试用期已经履行，用人单位需以劳动者试用期满月工资为标准，按已履行的超过法定试用期的期间向劳动者支付赔偿金。
具体赔偿计算：
- 赔偿金额 = 试用期满月工资 × 超过法定试用期的月数。
- 例如，若您试用期满后的月工资为5000元，且实际履行了超出的一个月试用期，则用人单位应向您支付5000元的赔偿金。
实际损失考量：
- 除了上述基本赔偿外，如果您因试用期约定违法而遭受其他经济损失（如工资差额、社保缴费差额等），也有权要求用人单位进行赔偿。赔偿金额应相当于因违法行为所造成的您的实际损失。
三、索赔流程与建议
协商：
- 首先，您可以与用人单位进行友好协商，指出试用期约定违法的问题，并提出支付赔偿金的要求。
- 协商过程中，请准备充分的证据材料，如劳动合同、工资支付记录等，以支持自己的主张。
申请劳动仲裁：
- 若协商不成，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 申请时需填写劳动仲裁申请书，详细说明仲裁请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
- 仲裁委员会将依法进行受理、审理和裁决。若您胜诉，用人单位应按照裁决支付赔偿金。
提起诉讼：
- 若您或用人单位对仲裁裁决不服，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
- 法院将依法进行审理并作出判决。若用人单位仍不履行支付义务，您可以申请强制执行。
咨询专业律师：
- 在申请仲裁或提起诉讼前，建议您咨询专业律师，以了解具体的法律程序和注意事项，提高维权效率。
四、劳动者权益保护
- 劳动者在面临试用期约定违法时，有权向用人单位提出异议，并要求调整至合法的试用期时长或选择解除劳动合同并主张相应权益。
- 建议您在签订劳动合同前仔细审查合同条款，确保试用期的约定符合法律法规的要求。
综上所述，对于二年期劳动合同约定三个月试用期且已履行的情况，您有权依法要求用人单位支付赔偿金。在索赔过程中，请保留好相关证据并咨询专业律师的意见，以维护自己的合法权益。