结论：公司发工资扣了个人所得税后，又让第三方给发工资且第三方再扣款的行为，是否合法需视具体情况而定，但通常情况下，这种双重扣款行为可能存在问题，不合法或至少是不合理的。

一、法律分析

1. 个人所得税的扣缴：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定，公司作为扣缴义务人，有义务在发放工资时代扣代缴员工的个人所得税。这部分扣款是合法的，且是员工的法定义务。

2. 第三方发工资及扣款：

   • 通常情况下，工资应由公司直接发放给员工，除非有特殊情况（如劳务派遣、外包等）且合同中有明确约定。
   • 如果公司让第三方发放工资，且第三方再次扣款，这需要查看双方之间的合同或协议。若合同或协议中未明确约定第三方有权再次扣款，或扣款项目、标准不明确，则这种扣款行为可能缺乏合法依据。
   • 特别是，如果第三方扣款的项目并非个人所得税（因为个人所得税已由公司代扣代缴），而是其他费用（如管理费、手续费等），且未得到员工的明确同意，则这种扣款行为很可能不合法。

二、可能存在的法律问题

1. 违法扣款：

   • 如果第三方扣款缺乏合法依据，或扣款项目、标准不明确，可能构成违法扣款，员工有权要求返还。

2. 违反劳动合同：

   • 如果公司或第三方的行为违反了与员工签订的劳动合同中的相关条款（如工资支付条款），员工有权依据劳动合同要求公司承担责任。

3. 侵害员工权益：

   • 双重扣款行为可能侵害员工的合法权益，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

三、建议与措施

1. 查看合同与协议：

   • 员工应首先查看与公司、第三方签订的合同或协议，明确工资支付方式、扣款项目及标准等。

2. 与公司沟通：

   • 如果发现扣款行为存在问题，员工应首先与公司沟通，要求公司解释并纠正。

3. 向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁：

   • 如果公司拒绝纠正或无法达成一致，员工可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。

举例说明：假设员工A与公司签订了劳动合同，约定工资为每月10000元。公司发放工资时扣除了个人所得税1000元，实际发放9000元。后公司让第三方B发放工资，B又扣除了500元作为“管理费”。这种情况下，如果合同或协议中未明确约定B有权扣除“管理费”，则A有权要求B返还这500元，并可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

总结：公司发工资扣了个人所得税后，又让第三方给发工资且第三方再扣款的行为，是否合法需视具体情况而定。但通常情况下，这种双重扣款行为可能存在问题。员工应查看合同与协议，与公司沟通，并在必要时向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。