结论：工资由第三方发放时，扣除集团管理费、服务费以及个税是否合法，需分情况讨论。一般来说，扣除个税是合法的，但扣除集团管理费和服务费需视具体情况及合同约定而定。
一、关于个税的扣除
根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，工资、薪金所得应当缴纳个人所得税。因此，无论工资是由用人单位直接发放还是由第三方代发，用人单位或第三方都有义务按照法律规定代扣代缴个人所得税。所以，扣除个税是合法的。
二、关于集团管理费和服务费的扣除
合同约定情况：
- 如果劳动者与用人单位（或第三方）在劳动合同中明确约定了工资中需要扣除集团管理费和服务费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除是合法的。但需要注意的是，扣除的比例和金额应当合理，不能损害劳动者的合法权益。
无合同约定或约定违法情况：
- 如果劳动合同中没有明确约定扣除集团管理费和服务费，或者约定违反了法律法规的强制性规定（如扣除比例过高、扣除项目不合理等），那么这种扣除就是违法的。劳动者有权拒绝这种不合法的扣除，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
三、具体建议
审查劳动合同：
- 劳动者应仔细审查自己的劳动合同，了解其中关于工资发放和扣除的约定。如果发现有不合理的扣除条款，应及时与用人单位或第三方进行沟通协商，要求修改或删除。
保留证据：
- 劳动者应保留好工资条、银行转账记录等证据，以便在发生纠纷时能够证明自己的工资收入和扣除情况。
寻求法律帮助：
- 如果劳动者认为自己的合法权益受到了侵害，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在必要时，也可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径来维护自己的权益。
四、可能的法律后果
- 如果用人单位或第三方违法扣除劳动者的工资，除了需要返还违法扣除的部分外，还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
- 在严重的情况下，如果用人单位或第三方的行为构成了犯罪（如职务侵占罪等），还可能面临刑事责任的追究。
综上所述，工资由第三方发放时扣除个税是合法的，但扣除集团管理费和服务费需视具体情况及合同约定而定。劳动者应仔细审查劳动合同，保留好相关证据，并在必要时寻求法律帮助来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。