公司请假超过三次倒扣100元工资的做法，很可能是违法的。以下从不同角度为您详细分析：

1. 从劳动合同和规章制度的角度

• 劳动合同约定：首先，要查看您的劳动合同中是否有关于请假和扣款的明确约定。如果劳动合同中明确规定了请假超过一定次数会扣款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能有一定的依据。但即便如此，扣款金额也需合理，不能过分高于因请假给公司造成的实际损失。
• 规章制度合法性：如果公司没有在劳动合同中约定，而是依据内部规章制度进行扣款，那么需要审查该规章制度的合法性。根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果规章制度未经上述程序制定，或者内容违反法律法规，那么该规章制度对劳动者不具有约束力。

2. 从法律法规的角度

• 工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。请假扣款并不属于上述可以代扣的情形。
• 劳动法保护：《劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。公司因请假而扣款，很可能被视为克扣工资的行为，违反了劳动法的规定。

3. 从实际操作和合理性的角度

• 扣款合理性：即使公司有合法的依据进行扣款，扣款金额也需合理。如果扣款金额过高，远远超出了因请假给公司造成的实际损失，那么这种扣款行为很可能被视为不合理。
• 劳动者权益：作为劳动者，您有权获得应得的工资报酬。公司因请假而扣款，实际上是在剥夺您的劳动成果，侵犯了您的合法权益。

建议

• 与公司沟通：首先，您可以尝试与公司进行沟通，了解扣款的具体原因和依据，并表达您的异议和诉求。
• 申请劳动仲裁：如果沟通无果，您可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 寻求法律援助：在申请劳动仲裁过程中，如果您需要法律帮助或咨询，可以随时向我提问，我会为您提供专业的法律意见和支持。

总结：公司请假超过三次倒扣100元工资的做法，很可能违反了劳动合同、规章制度以及相关法律法规的规定。作为劳动者，您有权维护自己的合法权益，通过与公司沟通、申请劳动仲裁或寻求法律援助等方式来解决问题。