公司请假扣双倍工资是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确保护了劳动者的工资权益，确保工资与劳动付出相对应，公司不能随意克扣工资，包括以请假为由扣双倍工资。
《工资支付暂行规定》第十五条与第十六条：
- 第十五条：明确了用人单位可以代扣劳动者工资的具体情形，如个人所得税、社会保险费用等，但并未包含请假扣双倍工资的情况。
- 第十六条：指出因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失时，可按劳动合同约定要求其赔偿，并规定了扣除的上限和底线（每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付）。这强调了即使在经济损失的情况下，扣除工资也有明确的限制，不能随意扣双倍。
《中华人民共和国劳动合同法》第四条：
- 用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，涉及劳动者切身利益的规章制度或重大事项应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。如果公司的规章制度中规定请假扣双倍工资，该规定必须经过民主程序制定，内容合法、合理，并向劳动者公示或告知。然而，扣双倍工资这种不合理的惩罚性规定很难满足这些要求，因此不能作为扣工资的依据。
工资计算原理
员工请假时，通常应按照实际请假的天数来扣除相应比例的工资。即月工资除以月工作日数（如21.75天）来计算每日工资，再乘以请假天数进行扣除。双倍扣除工资超出了合理的扣除范围，可能损害劳动者获得劳动报酬的权利。
特殊情况分析
虽然一般情况下公司请假扣双倍工资是不合法的，但也存在一些特殊情况。如果劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律、法规的强制性规定，同时公司的扣除方式是基于合理的管理制度（例如，因员工请假导致企业遭受了额外的、可量化的经济损失，并能提供相应证据），那么这种双倍扣除方式可能会被认定为有效。但这需要满足严格的条件，包括规定的合法性、员工的知情同意以及管理制度的合理性。不过，在实际操作中，这种情况非常罕见，且很难得到法律的支持。
应对措施与建议
与用人单位协商：
- 首先，建议你尝试与公司进行友好协商，向其说明这种扣薪方式不符合法律规定，要求其纠正错误，并补发多扣的工资。通过沟通，很多时候可以解决问题，避免矛盾进一步激化。
申请劳动仲裁或投诉：
- 如果协商无果，你可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向劳动行政部门投诉。在申请仲裁时，需要准备相关证据，如劳动合同、工资条、请假记录等，以证明工资被不合理扣除的事实。
提起诉讼：
- 如果对仲裁结果不满意，你还可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院将对案件进行全面审查，并根据法律规定作出判决。需要注意的是，诉讼程序相对复杂，耗时较长，因此你需要做好充分的准备。
寻求法律援助：
- 在必要时，你还可以寻求法律援助，以获得专业的法律支持和帮助，通过法律途径解决争议。
综上所述，公司请假扣双倍工资通常是不合法的。如果你遇到此类情况，应了解自己的权利，并依法采取相应措施来维护自己的合法权益。如果你还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。