在劳动仲裁期间，如果公司发生了转让，您无需过于担心，原劳动合同依然有效，您的权益仍然受到法律保护。具体来说，处理方式需分情况讨论：
公司仅进行股权等主体内部变更
- 在这种情况下，公司的法人主体资格并未发生改变，其法律地位依然存续。
- 公司应当继续承担相应的法律责任，包括履行原劳动合同中的义务。
- 劳动仲裁程序不会因此受到影响，您可以继续向该公司主张自己的权利，按照既定的仲裁程序进行操作。
公司进行整体转让，包括资产、债务等全部一并转让
- 根据相关法律规定，公司在转让前所产生的债务（包括劳动债务）应当由转让后的公司来承继。
- 您仍然可以将转让后的公司列为被申请人，要求其承担相应的劳动法律责任。
- 劳动仲裁程序能够正常推进，不会因为公司的转让而受到阻碍。
为了保障您的权益，我建议您采取以下措施：
- 密切关注公司转让的具体情况：了解公司转让的性质（是股权变更还是整体转让）、转让的时间、转让后的公司名称和法定代表人等信息。这些信息对于确定被申请人、推进仲裁程序至关重要。
- 收集并保存相关证据：包括劳动合同、工资条、考勤记录、工作证等能够证明您与公司存在劳动关系以及公司违反劳动法律法规的证据。这些证据将在仲裁程序中发挥关键作用。
- 及时与仲裁机构沟通：在公司转让后，及时将转让情况告知受理仲裁的机构，并按照机构的要求提交相关证据和材料。确保仲裁机构能够准确了解情况，保障仲裁程序的公正、公平进行。
若因公司转让导致您的工作地点、工作内容等发生重大变化，您还有权提出解除劳动合同，并要求相应的经济补偿。如果在这一过程中遇到诸如补偿标准如何确定、新公司拒绝承担责任等问题，不要烦恼，您可以随时向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。
总之，公司转让一般不会对劳动者通过劳动仲裁维护自身合法权益产生实质性的影响。您需要密切关注公司转让的具体情况，准确确定被申请人，以确保劳动仲裁能够顺利进行。只有这样，您的合法权益才能得到有效的保障。