结论：公司已转让的情况下，员工若要申请劳动仲裁，需根据转让的具体情况（如股权转让、资产转让等）以及员工与公司之间的劳动关系变化来综合判断处理方式。以下是从不同角度给出的详细解答：
一、公司转让类型对员工仲裁的影响
股权转让：
- 情况说明：若公司仅发生股权转让，即原股东将股权转让给新股东，但公司主体（包括名称、法人资格、劳动合同等）未发生变化，则员工与公司的劳动关系不受影响。
- 仲裁处理：员工仍可向原公司（现由新股东控制）申请劳动仲裁，要求公司履行劳动合同义务或承担相应责任。
资产转让：
- 情况说明：若公司发生资产转让，且该转让导致公司主体变更（如原公司注销，新公司成立并承接原公司业务），则员工与原公司的劳动关系终止。
- 仲裁处理：
- 若新公司承接了原公司的权利义务，包括员工劳动关系，则员工可向新公司申请劳动仲裁。
- 若新公司未承接原公司员工劳动关系，员工需先确认与原公司的劳动关系是否已合法终止，并依据相关法律法规（如《劳动合同法》关于经济补偿的规定）向原公司主张权利。若原公司已注销，员工可能需通过其他途径（如向原公司股东主张权利）来维护自身权益。
二、员工仲裁的具体步骤与注意事项
收集证据：
- 员工应收集与劳动关系相关的所有证据，包括劳动合同、工资单、工作证、考勤记录、公司转让相关文件等。
- 这些证据将用于证明员工与公司的劳动关系、公司转让的事实以及员工因此遭受的损失。
确定仲裁对象：
- 根据公司转让的具体情况，确定正确的仲裁对象（原公司、新公司或原公司股东）。
- 若不确定仲裁对象，可咨询专业律师或劳动仲裁机构以获取指导。
提交仲裁申请：
- 员工需向当地劳动仲裁机构提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
- 仲裁申请应明确仲裁请求、事实和理由，并按照仲裁机构的要求填写相关表格。
参与仲裁程序：
- 员工需积极参与仲裁程序，包括出席仲裁庭、提供证据、进行辩论等。
- 在仲裁过程中，员工应遵守仲裁规则，尊重仲裁庭的裁决。
执行仲裁裁决：
- 若仲裁裁决支持员工的请求，员工应督促对方履行裁决义务。
- 若对方不履行裁决义务，员工可向人民法院申请强制执行。
三、特殊情况下的处理建议
公司转让导致员工失业：
- 若公司转让导致员工失业，员工可依据《劳动合同法》的相关规定，要求公司支付经济补偿。
- 经济补偿的计算标准通常为员工在公司工作的年限乘以月工资（具体标准可能因地区而异）。
公司转让过程中存在违法行为：
- 若公司转让过程中存在违法行为（如未依法通知员工、未支付经济补偿等），员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司承担相应法律责任。
温馨提示：劳动仲裁是维护员工合法权益的重要途径，但仲裁过程可能复杂且耗时。因此，建议员工在申请仲裁前充分了解相关法律法规和仲裁程序，并在必要时寻求专业律师的帮助。若您有任何关于劳动工伤（劳动仲裁）方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。