面对您申请劳动仲裁后反被公司控告职务侵占罪的情况，这确实是一个复杂且需要谨慎处理的问题。以下是我为您提供的详细分析和建议：

一、理解法律关系

首先，要明确劳动仲裁和职务侵占是两个完全不同的法律关系。劳动仲裁主要解决的是劳动者与用人单位之间的劳动争议，属于民事案件范畴；而职务侵占罪则涉及刑事责任，是劳动者利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有的行为。

二、保持冷静，谨慎回应

在面对公司的控告时，您需要保持冷静，不要因为害怕而急于自证清白或做出对己不利的回应。任何不谨慎的言行都可能成为将来公司向公安机关立案的线索。因此，建议您在此时不要轻易发表意见或提供证据，而是先咨询专业的法律人士。

三、了解职务侵占罪的立案标准

根据最新的法律规定，职务侵占罪的立案标准为数额在三万元以上。这意味着，如果公司控告您职务侵占，但涉案金额不足三万元，那么公安机关可能不会立案。同时，您还需要了解法律不溯及既往的原则，即如果行为发生在法律修订之前，且当时的标准未达到刑事立案条件，那么原则上不得追溯。

四、寻求专业法律帮助

面对公司的控告，您最明智的选择是寻求专业的法律帮助。律师可以为您提供详细的法律咨询，帮助您分析案情，制定应对策略。同时，律师还可以代表您与公安机关、检察机关以及法院进行沟通，维护您的合法权益。

五、准备相关证据

在应对公司的控告时，您需要准备相关的证据来证明自己的清白。这些证据可能包括与公司的劳动合同、工资单、工作记录、与同事的沟通记录等。这些证据有助于证明您没有利用职务上的便利非法占有公司财物。

六、关注案件进展，及时应对

在案件处理过程中，您需要密切关注案件的进展，及时了解公安机关、检察机关以及法院的处理意见。如果发现公司存在恶意控告或诬告的行为，您可以向相关部门进行投诉或举报。

总之，面对公司控告职务侵占罪的情况，您需要保持冷静、谨慎回应，并寻求专业的法律帮助。同时，准备好相关证据，关注案件进展，及时应对可能出现的各种情况。希望这些建议能对您有所帮助。