侵占公司财产不可以申请劳动仲裁。劳动仲裁主要解决的是用人单位与劳动者之间因劳动关系而产生的争议，如劳动合同的订立、履行、变更、解除等，以及由此引发的劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿等争议。而侵占公司财产是一种违法行为，它并不属于劳动仲裁的受理范围。

对于侵占公司财产的行为，公司应根据其性质和严重程度选择合适的法律途径进行处理。如果侵占行为尚未构成犯罪，但确实给公司造成了经济损失，公司可以基于物权或债权等相关民事法律关系，向人民法院提起民事诉讼，要求侵占者返还财产、赔偿损失。如果侵占行为达到一定的严重程度，可能构成职务侵占罪，公司可以向公安机关报案，由司法机关依法追究侵占者的刑事责任。

因此，面对侵占公司财产的行为，公司应明确行为的性质，并依据相关法律法规选择适当的法律途径进行处理，以维护自身的合法权益。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。