在劳动仲裁中，确定以哪份劳动合同为依据，需根据具体情况分析，核心在于判断哪份合同实际履行并产生了劳动关系。以下从不同角度为您详细分析：
1. 若两份合同均有效且实际履行
- 判断标准：需考察哪份合同实际被执行，包括工资发放、社保缴纳、工作安排等。若子公司实际承担了用工管理职责（如安排工作、考核绩效、支付工资等），则通常以子公司合同为准。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第十条，劳动关系自用工之日起建立。实际用工主体是判断劳动关系的关键。
- 示例：若您与总公司签订合同后，被调至子公司工作，工资由子公司发放，社保由子公司缴纳，且日常管理由子公司负责，则劳动关系实际转移至子公司，仲裁时应以子公司合同为依据。
2. 若仅一份合同实际履行
- 总公司合同有效，子公司合同未履行：若您未在子公司实际工作，子公司未支付工资或缴纳社保，则劳动关系仍属于总公司，仲裁时应以总公司合同为准。
- 子公司合同有效，总公司合同未履行：若您直接与子公司签订合同并实际工作，总公司未参与用工管理，则劳动关系属于子公司，仲裁时应以子公司合同为准。
3. 若两份合同存在冲突或未实际履行
- 合同内容冲突：如两份合同对工作岗位、薪资、期限等关键条款约定不一致，需结合实际履行情况判断。若实际履行与子公司合同一致，则以子公司合同为准；反之，以总公司合同为准。
- 均未实际履行：若两份合同均未实际履行（如未到岗工作），则可能视为劳动关系未建立，需结合其他证据（如录用通知、沟通记录等）判断劳动关系是否存在及归属。
4. 特殊情形：关联企业混同用工
- 判断标准：若总公司与子公司存在混同用工（如人员、财务、业务高度混同），导致劳动者无法区分用工主体，则可能认定两公司承担连带责任。
- 法律依据：根据《劳动争议调解仲裁法》及相关司法解释，若关联企业存在混同用工，劳动者可要求两公司共同承担责任。
- 示例：若您同时为总公司和子公司工作，工资由两公司轮流发放，工作安排由两公司共同决定，则可能认定两公司混同用工，仲裁时可要求两公司共同承担责任。
法律建议
- 收集证据：保留工资条、社保记录、工作安排通知、考勤记录等证据，以证明实际用工主体。
- 明确诉求：在仲裁申请中明确诉求主体（如要求总公司或子公司承担责任），并说明依据。
- 咨询专业律师：若案件复杂（如涉及混同用工、合同冲突等），建议委托律师协助处理，以确保权益最大化。
总结：劳动仲裁中以哪份合同为依据，需结合实际履行情况判断。若您对此仍有疑问或需进一步帮助，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业法律意见。