公司因员工未扔垃圾而扣款是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合法情形
规章制度合法且合理：
- 如果公司制定了合法、合理的内部规章制度，明确规定了员工应遵守的行为规范，包括垃圾处理等日常行为，并且这些规章制度经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），同时已向员工公示告知，那么员工应当遵守。
- 在此情况下，如果员工未按照规定扔垃圾，公司按照规章制度扣除相应款项，可以视为公司行使管理权的一种方式，这种扣款行为是合法的。
扣款金额合理：
- 即使规章制度合法，扣款金额也必须合理。如果扣款金额过高，超出了员工因未扔垃圾行为所应承担的责任范围，那么这种扣款行为可能被视为不合理，甚至违法。
违法情形
规章制度不合法或不合理：
- 如果公司的规章制度未经过民主程序制定，或者未向员工公示告知，那么这些规章制度对员工不具有约束力。在此情况下，公司因员工未扔垃圾而扣款，可能构成违法。
- 另外，如果规章制度中的规定不合理，如罚款金额过高、处罚程序不合法等，员工也有权通过合法途径进行申诉或维权。
未遵循法定程序：
- 公司在对员工进行扣款时，必须遵循法定程序。例如，公司应当事先告知员工扣款的原因、金额和依据，并允许员工进行申辩。如果公司未遵循这些程序，直接对员工进行扣款，可能构成违法。
建议与措施
员工角度：
- 如果员工认为公司的扣款行为不合理或违法，可以先与公司沟通，了解扣款的依据和理由。
- 若认为扣款不合理，可向公司的劳动监察部门或工会反映情况，请求协调解决。
- 若仍无法解决，员工还可以向劳动争议仲裁机构申请仲裁，维护自己的合法权益。
公司角度：
- 公司应制定合法、合理的内部规章制度，并确保这些规章制度经过民主程序制定且已向员工公示告知。
- 在对员工进行扣款时，公司应遵循法定程序，确保扣款行为的合法性和合理性。
法律依据：
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。”
同时，根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位对劳动者进行罚款时，必须遵循合法、合理、公正的原则，且罚款金额不得超过劳动者当月工资的百分之二十。
综上所述，公司因员工未扔垃圾而扣款是否合法，需根据具体情况进行判断。如果遇到此类问题，建议员工和公司都应积极沟通、协商解决，必要时可寻求法律途径维护自身权益。如有任何法律疑问，可以直接向我咨询。