结论：给员工多做工资然后在奖金中扣除的做法，是否违法需视具体情况而定，但通常这种做法存在法律风险，不建议采用。以下从不同角度进行分析：

一、从劳动合同和工资支付的角度

1. 劳动合同约定：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。如果劳动合同中明确约定了工资的数额和支付方式，用人单位擅自改变支付方式（如多做工资再扣除），可能构成违约。

2. 工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》，用人单位应当按照劳动合同约定的日期支付工资，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果用人单位通过多做工资再扣除的方式，实际上是在变相克扣工资，这可能违反工资支付的相关规定。

二、从税务和财务的角度

1. 税务合规性：多做工资再扣除的做法可能涉及税务问题。如果用人单位为了规避税务而采取这种做法，一旦被税务机关发现，可能会面临税务处罚。

2. 财务真实性：从财务角度来看，多做工资再扣除的做法可能影响财务报表的真实性和准确性。这可能导致企业在财务审计或税务检查时出现问题。

三、从劳动关系的角度

1. 劳动者权益：劳动者有权按照劳动合同的约定获得劳动报酬。如果用人单位通过多做工资再扣除的方式损害劳动者的权益，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

2. 劳动关系稳定性：这种做法可能破坏用人单位与劳动者之间的信任关系，影响劳动关系的稳定性。长期来看，不利于企业的持续发展和员工的忠诚度。

四、建议与风险提示

1. 合法合规操作：用人单位应当遵守相关法律法规，按照劳动合同的约定支付工资。如果需要调整工资或奖金制度，应当与劳动者协商一致，并签订书面协议。

2. 避免法律风险：多做工资再扣除的做法存在法律风险，用人单位应当避免采用这种做法。如果确实需要调整工资支付方式，建议咨询专业律师或人力资源专家，确保合法合规。

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