借款合同约定法院管辖，担保合同约定仲裁，一并起诉时，通常应尊重当事人的意思自治，按各自合同约定的争议解决方式处理，但也可能面临一些复杂情况。具体分析如下：
一、按各自合同约定处理
借款合同纠纷：若借款合同中明确约定了法院管辖，那么当借款合同发生纠纷时，应按照合同约定的法院提起诉讼。法院将依据民事诉讼程序进行审理，并作出判决。
担保合同纠纷：若担保合同中明确约定了仲裁条款，那么当担保合同发生纠纷时，应向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁机构将依据仲裁规则进行审理，并作出仲裁裁决。仲裁裁决具有终局性，对双方当事人均具有约束力。
二、可能面临的复杂情况
仲裁与诉讼的冲突：
- 当借款合同和担保合同分别约定了不同的争议解决方式时，可能会引发仲裁与诉讼的冲突。例如，一方可能依据借款合同向法院提起诉讼，而另一方则可能以保证合同中的仲裁条款为由提出异议，要求通过仲裁解决纠纷。
- 在这种情况下，仲裁机构可能会根据具体情况决定是否受理仲裁申请。如果仲裁机构受理了仲裁申请，并在仲裁过程中面临法律适用等问题，可能会增加纠纷解决的复杂性和不确定性。
主从合同的牵连性：
- 担保合同通常是借款合同的从合同，二者存在牵连关系。在审理借款合同纠纷时，法院可能会综合考虑担保合同的相关内容，以确保纠纷的全面解决。
- 如果法院在审理过程中认为有必要将担保合同纠纷一并处理，可能会基于主从合同的牵连性，优先考虑主合同（借款合同）约定的纠纷解决方式。但这一做法并非绝对，具体还需根据案件实际情况和法律规定进行判断。
三、建议与措施
协商补充协议：
- 当借款合同和担保合同约定不同的争议解决方式时，各方可以协商一致，通过补充协议等方式明确争议解决方式，以避免后续纠纷的产生。
寻求专业法律帮助：
- 由于这种情况涉及复杂的法律问题和程序安排，建议各方在纠纷发生前或发生时及时寻求专业法律帮助。律师可以根据具体情况提供准确的法律意见和解决方案，帮助各方妥善应对法律难题。
注意证据收集与整理：
- 在争议解决过程中，证据的收集与整理至关重要。各方应注意保存与借款合同和担保合同相关的所有证据，包括合同文本、交易记录、沟通记录等，以便在需要时提供有力的证据支持。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供准确的法律意见和解决方案。