针对您提出的“商品房买卖合同约定法院管辖，而关联的借款担保合同约定仲裁，出现争议应该怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、理解合同条款与争议解决方式

首先，我们需要明确两份合同中约定的争议解决方式：

1. 商品房买卖合同：约定了法院管辖，即如果发生争议，双方应向有管辖权的人民法院提起诉讼。
2. 借款担保合同：约定了仲裁，即如果发生争议，双方应提交至约定的仲裁机构进行仲裁。

二、分析争议性质与关联合同

接下来，我们需要分析争议的性质以及它与两份合同的关联性：

• 如果争议仅涉及商品房买卖合同的履行、解除、违约等问题，那么应依据该合同中的法院管辖条款，向有管辖权的人民法院提起诉讼。
• 如果争议仅涉及借款担保合同的履行、还款、担保责任等问题，那么应依据该合同中的仲裁条款，提交至约定的仲裁机构进行仲裁。
• 如果争议同时涉及商品房买卖合同和借款担保合同，且两者之间存在紧密的关联性（例如，因商品房买卖合同的解除导致借款担保合同无法履行），那么情况就相对复杂。

三、处理复杂争议的建议

对于同时涉及两份合同的复杂争议，我建议您采取以下步骤：

1. 协商与调解：

   • 首先，尝试与对方进行协商，看是否能够达成和解或调整合同条款以解决争议。
   • 如果协商无果，可以考虑寻求第三方调解机构的帮助，通过调解来化解矛盾。

2. 选择争议解决方式：

   • 如果协商和调解均无法解决问题，您需要根据争议的具体性质来选择争议解决方式。
   • 如果争议主要围绕商品房买卖合同展开，且借款担保合同的问题可以视为其后果或附属问题，那么您可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，如果法院认为借款担保合同的问题与商品房买卖合同紧密相关，可能会一并处理。
   • 如果争议主要围绕借款担保合同展开，且商品房买卖合同的问题可以视为其前提或背景，那么您应提交至约定的仲裁机构进行仲裁。在仲裁过程中，如果仲裁庭认为商品房买卖合同的问题对仲裁结果有重大影响，可能会要求双方提供相关证据或进行说明。
   • 特殊情况处理：如果两份合同的争议无法明确区分主次，或者法院和仲裁机构均认为对方应处理部分争议，那么可能需要通过法律途径（如申请法院裁定或仲裁机构确认）来确定最终的争议解决方式。

3. 遵循法律程序：

   • 无论选择诉讼还是仲裁，都需要严格遵循相关的法律程序和规定。
   • 确保您的起诉状或仲裁申请符合法定要求，提供充分的证据材料来支持您的主张。

四、法律依据与注意事项

• 法律依据：

  • 《中华人民共和国仲裁法》第二条明确了合同纠纷和其他财产权益纠纷的可仲裁性。
  • 《中华人民共和国民事诉讼法》第三条规定了民事诉讼的适用范围。
  • 相关的商品房买卖和借款担保法律法规也提供了处理此类争议的法律依据。

• 注意事项：

  • 在选择争议解决方式时，要充分考虑争议的性质、两份合同的关联性以及法律程序的要求。
  • 遵循自愿原则，在协商和调解过程中不得强迫对方接受您的方案。
  • 确保您有充分的证据来支持您的主张，并在法律程序规定的期限内提出申请或起诉。

综上所述，处理同时涉及商品房买卖合同和借款担保合同的争议时，需要根据争议的具体性质来选择合适的争议解决方式，并严格遵守相关的法律程序和规定。希望这些建议能对您有所帮助。