合同上写明加班工资按公司规定基数为准，这一条款是否有效，需分情况讨论：

1. 公司规定基数合法合理时，条款有效：

   • 根据《劳动法》及相关规定，加班工资的计算基数通常应不低于劳动者本人所在岗位（职位）相对应的工资标准，且不得低于当地最低工资标准。如果公司规定的加班工资基数符合或高于这一标准，并且该规定在合同中明确，且没有违反法律法规的强制性规定，那么这一条款是有效的。
   • 举例来说，如果某员工的月工资为5000元，公司规定加班工资基数为月工资的150%（即7500元作为计算基数，但实际支付时仍需考虑加班时长和法定倍数），且这一规定不低于当地最低工资标准，也不违反其他法律法规，那么合同中的这一条款就是有效的。

2. 公司规定基数违法或不合理时，条款无效：

   • 如果公司规定的加班工资基数低于劳动者本人所在岗位（职位）相对应的工资标准，或者低于当地最低工资标准，那么这一条款就是违法的，因此也是无效的。
   • 例如，若员工月工资为5000元，但公司规定加班工资基数仅为月工资的50%（即2500元），这明显低于员工的正常工资水平，也极可能低于当地最低工资标准，那么这一条款就是无效的。
   • 另外，如果公司通过内部规定或合同条款试图规避法定加班工资支付义务，如将加班工资基数设定为极低水平，或者通过其他方式变相减少加班工资支付，这些条款同样可能被认定为无效。

法律建议：

• 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班工资的规定。如果发现合同中的加班工资基数规定违法或不合理，应及时与公司协商修改，或拒绝签订该合同。
• 如果已经签订了含有违法或不合理加班工资基数规定的合同，劳动者可以在实际发生加班工资争议时，向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至通过诉讼途径维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果公司违反规定支付加班工资，劳动者有权要求公司补发差额部分，并可能获得相应的经济补偿。
• 在极端情况下，如果公司长期拖欠或拒不支付加班工资，还可能面临劳动行政部门的处罚，甚至被追究刑事责任。

有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详细的法律建议。