结论：合同上约定加班费仅包含基本工资，而不包括津贴和其他收入，该条款的效力需结合具体情况判断，不一定完全无效，但可能因违反法律规定而被认定部分无效或整体无效。以下从不同角度详细分析：
一、从法律规定角度分析
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
同时，根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额由下列六个部分组成：
- 计时工资；
- 计件工资；
- 奖金；
- 津贴和补贴；
- 加班加点工资；
- 特殊情况下支付的工资。
法律分析：
- 加班费作为工资的一部分，其计算基数应当包括劳动者正常工作时间的工资收入，这通常包括基本工资以及各类津贴、补贴等。
- 如果合同中仅约定加班费为基本工资，而排除了津贴和其他收入，这可能违反了上述法律规定，因为津贴和其他收入也是工资总额的组成部分。
二、从合同效力角度分析
部分无效：如果合同中的加班费条款仅排除了部分津贴或补贴，而未完全排除所有应计入加班费计算的收入，那么该条款可能被认定为部分无效。即，加班费计算基数应包含基本工资以及未被排除的津贴和补贴。
整体无效与重新约定：在极端情况下，如果合同中的加班费条款严重违反了法律规定，且无法通过部分修改来纠正，那么该条款可能被认定为整体无效。此时，双方应重新协商加班费的计算方式和标准，或者依据法律规定来确定加班费。
三、从实际操作角度分析
- 劳动者权益保护：劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班费、工资构成等关键内容。如果发现合同条款存在违法或不合理之处，应及时与用人单位协商修改。
- 用人单位合规建议：用人单位在制定劳动合同时，应确保合同条款符合法律规定，避免因为违法条款而引发劳动争议和法律风险。特别是在约定加班费时，应明确加班费的计算基数和计算方式，确保劳动者的合法权益得到保障。
四、特殊情况说明
- 双方协商一致：如果劳动者和用人单位在签订劳动合同时，已经就加班费的计算方式和标准进行了充分协商，并且劳动者明确表示同意仅以基本工资作为加班费的计算基数，那么该条款在双方协商一致的情况下可能是有效的。但这种情况较为特殊，且需要劳动者有充分的知情权和选择权。
- 地方性法规或政策：不同地区可能对于加班费的计算方式和标准有具体的规定或政策。因此，在判断合同条款的效力时，还需要考虑当地的地方性法规或政策。
建议：如果您作为劳动者或用人单位，在签订或履行劳动合同时遇到关于加班费的问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律意见和解决方案。