结论前置：合同上写加班工资按照公司规定基数为准，这一条款是否有效需视具体情况而定。若公司规定的基数不低于法定标准且符合劳动合同约定，则有效；否则，可能被认定为无效。

详细分析：

1. 法定标准与劳动合同约定：

   • 根据《劳动法》及相关规定，加班费的计算基数应不低于劳动者正常工作时间下的工资标准，且通常包括基本工资、奖金、津贴等所有货币性收入。若劳动合同中明确约定了加班费计算基数，且该基数不低于当地最低工资标准，则从其约定。但公司规定的基数不得低于法定最低工资标准，也不得通过不合理方式降低加班费计算基数。
   • 例如，若劳动合同中明确约定加班费计算基数为每月6000元，且此金额不低于当地最低工资标准，同时符合公司实际工资发放情况，则该条款有效。

2. 公司规定基数的合理性：

   • 公司规定的加班费计算基数需合理，不得仅以基本工资为基数而忽略奖金、津贴等其他收入部分。若公司规定的基数明显低于劳动者实际工资水平，或未包含所有应计入加班费的收入部分，则该条款可能被认定为无效。
   • 例如，若劳动者每月实际工资为8000元（包括基本工资、奖金和津贴），但公司规定的加班费计算基数仅为基本工资3000元，则该条款可能因不合理而无效。

3. 特殊情况与争议解决：

   • 对于新入职员工或工资调整的情况，若未在劳动合同中明确加班费计算基数，则一般按实际发放的第一个月工资（剔除非常规性奖金和福利）作为基数。员工工资调整后，加班费计算基数也应相应调整。
   • 若劳动者与用人单位就加班费基数产生争议，可通过协商、劳动仲裁或诉讼等途径解决。在实际操作中，应参考当地具体的法律法规和政策文件，以确保合法合规。

法律建议：

• 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同中关于加班费计算基数的条款，确保其不低于法定标准且符合个人实际工资情况。
• 若发现合同中加班费计算基数不合理或低于法定标准，应及时与公司协商修改或向劳动行政部门投诉。
• 在发生加班费争议时，劳动者应保留好相关证据（如工资条、考勤记录等），以便通过法律途径维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 若公司规定的加班费计算基数低于法定标准或未包含所有应计入加班费的收入部分，可能面临劳动行政部门的责令支付差额部分及加付赔偿金的处罚。
• 在极端情况下，若公司以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的加班费，且数额较大、经政府有关部门责令支付仍不支付的，可能构成犯罪，面临刑事处罚。