员工入职后发现有重大疾病，用人单位一般不能因此不签合同，但需分情况讨论劳动合同的签订与后续处理。以下从不同角度进行详细分析：

一、入职时发现员工有重大疾病，劳动合同的签订

1. 法律原则：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。员工入职时，即使被发现患有重大疾病，只要其能够胜任所应聘的工作岗位，且不存在其他法定禁止录用的情形（如被依法追究刑事责任等），用人单位就应当与其签订劳动合同。

2. 特殊情况：如果员工所患的重大疾病确实影响其胜任所应聘的工作岗位，且无法通过合理调整工作岗位等方式解决，用人单位可以与员工协商不签订劳动合同。但这种情况较为特殊，且用人单位需要承担举证责任，证明员工所患疾病确实影响其工作能力。

二、入职后发现员工有重大疾病，劳动合同的后续处理

1. 医疗期内：

   • 法律规定：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内，用人单位不得解除劳动合同。医疗期的具体时长根据员工实际工作年限和在本单位工作年限确定。
   • 实践操作：如果员工在入职后被发现患有重大疾病，且处于医疗期内，用人单位应当继续履行劳动合同，支付员工医疗期内的工资和福利待遇。

2. 医疗期满后：

   • 法律规定：医疗期满后，如果员工不能从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作，用人单位可以提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。但这种情况下，用人单位需要支付相应的经济补偿。
   • 经济补偿标准：经济补偿的标准根据员工在本单位的工作年限和月工资确定，具体为每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。

3. 特殊保护情形：

   • 工伤导致：如果员工因工伤导致重大疾病，且符合工伤待遇规定，用人单位不能随意解除劳动合同。这是为了保护工伤员工的合法权益。
   • 丧失或部分丧失劳动能力：如果员工经过专业鉴定，被确定为丧失或者部分丧失劳动能力，用人单位还需严格按照国家有关工伤保险的规定来执行相关程序和补偿措施。

三、法律建议

1. 对于用人单位：在招聘过程中，应当遵循公平、公正的原则，不得因员工患有重大疾病而歧视或拒绝录用。在员工入职后，如果发现员工患有重大疾病，应当根据法律规定和实际情况，妥善处理劳动合同的签订与后续问题。

2. 对于员工：如果入职后被发现患有重大疾病，应当积极与用人单位沟通，说明自己的病情和治疗情况，争取用人单位的理解和支持。同时，员工也可以了解自己的法律权益，如医疗期内的工资和福利待遇、经济补偿等，以便在必要时维护自己的合法权益。

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