单位只签一份用工协议不合法。以下从法律角度进行详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第十六条的规定：“劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。”这一规定明确了劳动合同文本的持有权归属，即用人单位和劳动者各自应持有一份劳动合同。用工协议作为劳动合同的一种形式，同样应遵循这一规定。
二、不合法的原因分析
违反法律规定：
- 用人单位仅签订一份用工协议并自行保留，剥夺了劳动者持有协议的权利，违反了《劳动合同法》的明确规定。
损害劳动者权益：
- 劳动者无法持有用工协议，难以证明劳动关系及双方权利义务，增加了维权难度。例如，在发生劳动争议时，劳动者可能因缺乏协议依据而面临举证困难。
存在潜在风险：
- 若用人单位篡改协议条款或拒绝承认劳动关系，劳动者将陷入被动局面。此类行为不仅违背诚信原则，更可能引发法律纠纷。
三、实际案例说明与建议措施
在实际案例中，若用人单位未向劳动者提供用工协议副本，劳动者可通过以下途径维护权益：
向劳动监察部门投诉：
- 劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求责令用人单位改正违法行为，并提供属于自己的那份用工协议。
在仲裁或诉讼中主张权益：
- 若因用人单位未提供用工协议给劳动者造成损害，劳动者可在仲裁或诉讼中主张相应的权益，如要求用人单位承担赔偿责任。
建议措施：
- 劳动者主动维权：要求用人单位提供用工协议副本，必要时通过书面函件留存证据；发现违规行为后及时向劳动行政部门举报。
- 用人单位规范操作：建立用工协议管理台账，确保双方各执一份有效协议；定期自查合规性，避免因管理疏漏引发法律风险。
四、法律后果
若用人单位坚持只签一份用工协议，且拒绝补签另一份给劳动者，将可能面临以下法律后果：
劳动行政部门的处罚：
- 劳动行政部门有权对用人单位进行监督检查，并责令其改正违法行为。若用人单位拒不改正，可能面临罚款等行政处罚。
劳动者的维权行动：
- 劳动者有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，要求用人单位承担相应的法律责任。
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