结论：新员工入职只签一个协议，在法律层面通常是不合法的，尤其是当这个协议被视为劳动合同或具有劳动合同性质时。为确保双方权益，劳动合同（包括入职协议书）应由用人单位与劳动者各执一份。
一、合法性分析
法律要求：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同应由用人单位与劳动者协商一致，并在劳动合同文本上签字或盖章生效。重要的是，劳动合同文本应由用人单位和劳动者各执一份。这是法律对劳动合同形式的基本要求，旨在保障双方的知情权和权益。
实践操作：
- 在劳动管理实践中，为保障双方的合法权益，通常会将劳动合同或入职协议书制作成一式两份或多份，由用人单位和劳动者分别持有。这种做法不仅符合劳动法的精神，也是常规操作，有助于减少纠纷和争议。
二、存在的问题与风险
举证困难：
- 如果新员工入职时只签订了一份协议，且该协议由用人单位保管，那么员工在自身权益受到侵害时（如公司随意降低工资、增加不合理工作时长等），将难以提供有效证据来证明双方的约定内容。这将使员工在维权过程中处于不利地位，甚至可能因无法举证而承担不利后果。
权益保障缺失：
- 只有一份协议的做法不符合劳动法的平等、公正原则。劳动者有权了解并保留与自己工作相关的所有重要信息，以便在必要时维护自己的合法权益。缺乏协议文本将导致劳动者在权益受损时难以及时有效地寻求法律救济。
可能面临处罚：
- 如果用人单位未按照法律规定向劳动者提供劳动合同文本（包括入职协议书），劳动行政部门有权责令其改正，并可能对其进行相应的处罚。此外，如果用人单位在用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，还需向劳动者每月支付二倍的工资。
三、建议与对策
明确要求：
- 新员工在入职时应明确要求用人单位提供一份与自己持有的内容一致的入职协议书或劳动合同。这是劳动者的合法权益，用人单位有义务满足这一要求。
增强法律意识：
- 新员工应了解自己的合法权益，包括签订、保管劳动合同的权利以及维权途径等。在遇到问题时，要及时咨询专业人士（如我，姚丽律师）以获取帮助，确保自己的权益不受侵害。
完善企业管理：
- 用人单位应遵守法律法规，规范劳动合同管理。确保每位员工都能持有一份与自己工作内容相符的劳动合同或入职协议书，以保障双方的合法权益。这不仅是法律要求，也是企业良性发展的基础。
四、特殊情况说明
- 如果新员工入职时签订的协议并非劳动合同或具有劳动合同性质的文件，而是其他类型的协议（如保密协议、竞业限制协议等），且这些协议并不涉及劳动合同的主要内容（如工作内容、工作地点、劳动报酬等），那么只签订一份协议可能并不违反法律规定。但即便如此，从保障员工权益的角度出发，建议用人单位还是为员工提供一份协议副本或复印件。
综上所述，新员工入职只签一个协议在法律层面通常是不合法的，尤其是当这个协议被视为劳动合同或具有劳动合同性质时。为确保双方权益得到充分保障，建议用人单位和劳动者在签订入职协议书或劳动合同时务必遵循相关法律法规的要求，确保双方各执一份。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。