结论：老板扣您三个月工资的行为一般不合法，但具体是否合法需结合事故责任划分、劳动合同约定及公司规章制度等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、从劳动关系与工资支付角度分析
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 老板扣您三个月工资，若未给出合法理由，则违反了上述规定，属于无故拖欠工资。
合法扣减工资的情形：
- 只有在特定情况下，如劳动者给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从其工资中扣除。但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 若您在此次事故中存在故意或重大过失，且给老板造成了经济损失，老板可依据劳动合同或公司规章制度要求您承担部分责任，但扣减工资需遵循上述限制。
二、从事故责任与赔偿角度分析
事故责任划分：
- 若您在驾驶三轮车送快递过程中撞到人，且事故责任完全在您（如违反交通规则、操作不当等），则您可能需要承担相应的民事赔偿责任。
- 但若事故责任不完全在您，或存在其他因素（如对方违规、道路条件等），则责任划分需根据具体情况确定。
赔偿与工资扣减的关系：
- 即使您需要承担民事赔偿责任，老板也不能直接扣减您的工资作为赔偿。正确的做法是通过法律程序确定赔偿金额，然后由您或保险公司（如购买了相关保险）进行赔偿。
- 老板若未经法律程序擅自扣减工资，可能构成违法行为。
三、从劳动合同与公司规章制度角度分析
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确约定了因劳动者原因造成事故时，用人单位可扣减工资的具体情形和比例，则老板的行为可能部分合法（但仍需遵循工资支付限制）。
- 但若劳动合同中无此约定，或约定不明确，则老板无权擅自扣减工资。
公司规章制度：
- 公司规章制度需经过民主程序制定，并告知劳动者。若规章制度中规定了因劳动者原因造成事故时的工资扣减条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则可能对劳动者产生约束力。
- 但若规章制度未经过民主程序制定，或未告知劳动者，或条款违反法律法规，则该条款无效。
四、建议与后续行动
与老板协商：
- 首先尝试与老板沟通，了解扣减工资的具体原因和依据，并表达自己的异议和诉求。
申请劳动仲裁：
- 若协商无果，可向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求老板支付被扣减的工资及可能的赔偿金。
寻求法律援助：
- 在整个过程中，您可咨询专业律师（如我）以获取更具体的法律建议和帮助。
总结：老板扣您三个月工资的行为一般不合法，但具体是否合法需结合事故责任划分、劳动合同约定及公司规章制度等因素综合判断。若您认为老板的行为违法，可采取上述建议中的措施维护自己的合法权益。如有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询。