若用人单位以司机合作协议掩盖实际的劳动关系，劳动者可以向法院起诉以维护自身权益。针对这一问题，我将从以下几个方面进行详细分析：

一. 明确法律关系

• 劳动关系与合作协议在法律上是两种不同的关系。劳动关系是指劳动者与用人单位之间，依照劳动法的规定，签订劳动合同，劳动者接受用人单位的管理，从事用人单位安排的工作，并获取劳动报酬的关系。而合作协议则更多是基于双方平等、自愿的基础上，就某一事项或项目达成的合作意向。

二. 劳动关系的认定

• 当协议内容实际上具备了劳动关系的特征，如劳动者接受用人单位的管理，按照其安排从事有报酬的劳动等，那么即便协议的名称是“合作协议”，也可能被认定为劳动关系。这一点是判断的关键。

三. 证据收集

• 劳动者在起诉前，应尽可能收集能够证明存在劳动关系的证据。这些证据可以包括：详细的工作记录，如每日工作内容、完成项目等；工资发放凭证，如银行转账记录、工资条等；考勤记录，如打卡记录、签到表等。这些证据将有助于劳动者在诉讼中证明自己的主张。

四. 起诉要点

1. 明确诉讼请求：劳动者在起诉时，应明确自己的诉讼请求，例如要求确认劳动关系、要求支付未签订劳动合同的双倍工资等。
2. 注意诉讼时效：劳动者应注意诉讼时效的问题，一般为一年，从劳动者知道或应当知道自身权利被侵害之日起开始计算。因此，劳动者应及时行使自己的权利，避免超过诉讼时效而丧失法律保护。

五. 实例分析

• 以司机为例，如果司机与某公司签订了所谓的“合作协议”，但实际上司机接受公司的管理，按照公司的安排出车，并获取报酬，那么这份“合作协议”实际上可能掩盖了真实的劳动关系。司机可以收集相关证据，如出车记录、工资发放凭证等，向法院起诉要求确认劳动关系，并主张相应的劳动权益。

我建议，劳动者在遇到类似情况时，应首先尝试与用人单位进行协商，协商无果后再考虑通过法律途径维护自己的权益。同时，劳动者在起诉前应充分收集证据，并明确自己的诉讼请求，以确保诉讼的成功。如有进一步需要，您可以继续咨询我。