以合作名义掩盖事实劳动关系的，可通过收集证据证明实际劳动关系存在，并依法主张劳动者权益，必要时可通过劳动仲裁或诉讼解决。具体分析如下：

1. 事实劳动关系的认定
   根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号），事实劳动关系的认定需满足三个核心要件：

   • 主体资格：双方符合劳动法规定的劳动者与用人单位主体资格（如个人与法人、非法人组织）；
     
   • 管理关系：劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；
     
   • 业务关联：劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
     即使双方签订的是合作协议，若实际履行中符合上述要件（如考勤、考核、工资发放等），仍可能被认定为事实劳动关系。

2. 证据收集方向
   若需证明合作协议掩盖劳动关系，可重点收集以下证据：

   • 管理性证据：如考勤记录、工作安排通知、绩效考核表、培训记录等，证明劳动者接受用人单位的直接管理；
     
   • 经济性证据：如工资支付记录（银行流水、转账备注）、报销凭证、奖金发放记录等，证明劳动者收入与劳动直接关联；
     
   • 业务性证据：如工作证、工服、工作群聊天记录、项目参与记录等，证明劳动者实际从事用人单位核心业务；
     
   • 合作协议漏洞：如协议中约定“服从管理”“不得兼职”等条款，或实际履行与协议约定不符（如固定工作时间、固定报酬等）。

3. 法律后果与维权路径

   • 用人单位风险：若被认定为事实劳动关系，用人单位需补缴社保、支付未签劳动合同双倍工资差额（最多11个月）、经济补偿金（如违法解除）等；
     
   • 劳动者维权步骤：
     
     1. 协商：与用人单位沟通，要求签订书面劳动合同、补缴社保等；
        
     2. 投诉：向当地劳动监察大队举报用人单位违法行为；
        
     3. 仲裁/诉讼：申请劳动仲裁确认劳动关系，并主张相关权益（如工资、加班费、赔偿金等）。

4. 实务建议

   • 对劳动者：保留所有与工作相关的证据，避免签署“自愿放弃社保”“确认非劳动关系”等文件；
     
   • 对用人单位：若需合作，应明确约定权利义务（如独立承担经营风险、自主安排工作等），避免实际履行中形成管理关系。

提示：劳动关系认定需结合具体证据和案件细节，若涉及复杂情形（如关联公司混同用工、平台用工等），建议进一步提供信息以便针对性分析。