若司机签了劳务协议但实际属于劳动关系，可按以下方式处理：
一、明确法律关系差异与冲突
劳动关系受《劳动合同法》等相关法律规范，它强调劳动者与用人单位之间的从属性，包括人格上的从属性和经济上的从属性。而劳务关系则主要依照《民法典》等规定，双方地位相对平等，不存在严格的从属关系。当签了劳务协议却实际属于劳动关系时，就可能导致协议约定和实际法律适用产生冲突。例如，劳务协议中可能未约定社会保险、加班费等劳动权益，但按照劳动关系，这些权益是劳动者应享有的。
二、与用人单位沟通协商
提出变更协议请求：
- 司机应尽快与用人单位沟通，明确指出虽然签订的是劳务协议，但实际工作情况更符合劳动关系的特征。
- 要求用人单位将劳务协议变更为劳动合同，以明确双方的权利义务，防止后续出现纠纷。
协商过程中的注意事项：
- 在沟通时，司机应清晰说明情况，表明变更协议的必要性，如为了保障自身的劳动权益，包括社会保险、加班费、休息休假等。
- 保留好沟通记录，如邮件、聊天记录等，以备后续需要。
三、向劳动监察部门投诉
投诉条件与流程：
- 如果用人单位拒绝变更协议，司机可以向劳动监察部门投诉。
- 投诉时，应准确提供相关证据和信息，如工作记录、工资发放凭证、与用人单位的沟通记录等，以证明存在劳动关系。
投诉后的处理：
- 劳动监察部门会进行调查，并根据调查结果对劳动关系的认定予以纠正。
- 如果认定存在劳动关系，劳动监察部门会要求用人单位按照劳动法律法规的规定与司机签订劳动合同，并补缴社会保险等。
四、保留相关证据
证据种类与收集：
- 司机应保留好相关证据，如工作证、工作服、工作记录（包括出勤记录、工作任务分配记录等）、工资发放凭证（如银行转账记录、工资条等）、与用人单位的沟通记录等。
- 这些证据可以证明司机与用人单位之间存在管理与被管理的关系，更符合劳动关系的特征。
证据的重要性：
- 证据是维护自身合法权益的关键。在后续可能出现的劳动争议仲裁或诉讼中，证据将起到至关重要的作用。
五、可能面临的法律后果与应对
用人单位的法律责任：
- 如果用人单位未与司机签订劳动合同而存在事实劳动关系，根据《劳动合同法》的规定，用人单位可能面临支付双倍工资、补缴社会保险等法律责任。
司机的应对策略：
- 司机应积极维护自身权益，按照上述步骤与用人单位沟通协商、向劳动监察部门投诉，并保留好相关证据。
- 如果用人单位仍然拒绝履行义务，司机可以考虑通过劳动争议仲裁或诉讼等法律途径来维护自身权益。
举例说明：假设某司机与一家运输公司签订了劳务协议，但实际工作中接受公司的管理、遵守公司的规章制度，双方存在管理与被管理的关系。这种情况下，更符合劳动关系的特征。司机发现协议约定和实际法律适用存在冲突后，可以与公司沟通，要求将劳务协议变更为劳动合同。如果公司拒绝变更，司机可以向劳动监察部门投诉，并提供工作记录、工资发放凭证等证据来证明存在劳动关系。
总结与建议：司机在签了劳务协议但实际属于劳动关系的情况下，应尽快与用人单位沟通协商，要求变更协议；如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉；同时，要保留好相关证据以维护自身合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。