针对您提出的“本来是劳动关系但签定的是劳务协议怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细处理策略和步骤：

一、理解劳动合同与劳务合同的核心差异

首先，您需要明确劳动合同与劳务合同在法律上的本质区别。劳动合同确立的是劳动关系，它涵盖了全面的劳动者权益保护，如社保缴纳、加班费支付、带薪年假等法定福利。而劳务合同则通常用于描述一种更为灵活、非全职的工作关系，其权益保护范围可能不如劳动合同全面。

二、收集证据以证明实际劳动关系

为了维护您的合法权益，您需要收集能够证明事实劳动关系存在的证据。这些证据在后续可能发生的纠纷中至关重要，具体包括：

1. 工资支付凭证或记录：如银行转账记录、工资条等，这些能直接证明用人单位向您支付劳动报酬的事实。
2. 工作证件：如工作证、服务证等，这些证件上印有您的姓名、照片、工作岗位及用人单位信息，是您在用人单位工作的直接证明。
3. 考勤记录：包括纸质考勤表、电子考勤记录等，这些能证明您的出勤情况及接受用人单位管理的事实。
4. 同事证言：其他同事的证言可以侧面印证您与用人单位间的劳动关系，但需注意证人需出庭作证，且其证言的证明力可能受多种因素影响。
5. 业务相关材料：如工作中产生的文件、邮件、客户订单、项目报告等，这些材料中含有您参与及用人单位信息，也可作为证明劳动关系的辅助证据。

三、与用人单位进行协商

在收集好证据后，您可以尝试与用人单位进行沟通。指出虽然签订的是劳务合同，但实际上双方的关系更符合劳动关系的特征。您可以要求用人单位按照劳动关系的相关规定履行义务，如签订正式的劳动合同、补缴社会保险、支付加班费等。在协商过程中，请务必保留沟通记录，如聊天记录、邮件等，以备后续需要。

四、通过法律途径维护权益

如果协商无果，您可以通过以下法律途径来维护自己的权益：

1. 向劳动监察部门投诉：

   • 您可以向当地的劳动监察部门进行投诉。投诉时，请携带相关证据材料，填写投诉表格，详细说明您的诉求和事实情况。劳动监察部门有权对用人单位遵守劳动法律法规的情况进行监督检查，如发现违法行为，将依法责令其改正，并进行相应处罚。

2. 申请劳动仲裁：

   • 您可以向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。申请时需提交仲裁申请书、身份证明、证据材料等。仲裁申请书应写明双方当事人基本信息、仲裁请求、事实和理由等内容。劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请后，会先进行调解，若调解不成，则会依法作出裁决。仲裁裁决具有法律效力，如用人单位不履行，您可向人民法院申请强制执行。

3. 提起诉讼：

   • 如果您对仲裁裁决不服，可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。诉讼过程中，您需提供进一步证据支持自己的主张，人民法院会根据双方提供的证据和相关法律规定进行审理，并作出判决。

五、保留关键证据

在整个维权过程中，请务必确保保留所有与工作相关的证据，如工资单、工作记录、通信记录等。这些证据在未来的法律纠纷中可能发挥关键作用，是维护您自身权益的重要依据。

综上所述，即使您签订了劳务合同，但如果实际上存在劳动关系，您仍有权要求相应的劳动者权益保护。通过细致的证据收集、有效的沟通与协商，以及适时寻求法律援助或法律途径，您可以争取到应有的合法权益。