劳动合同中约定部门撤销后以当地最低工资支付，这一条款的合法性需分情况讨论：

1. 从劳动合同法的角度看：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确约定劳动报酬，且该报酬不得低于当地最低工资标准。但法律并未直接规定在部门撤销等特定情况下，用人单位可以单方面将工资降至最低工资标准。
   • 如果劳动合同中明确约定了“部门撤销后以当地最低工资支付”，且这一约定不违反法律、行政法规的强制性规定，同时也不违背公序良俗，那么从合同自由的角度来看，这一条款在合同双方之间是具有法律效力的。但需要注意的是，这种约定可能因显失公平或违反劳动法的基本原则（如同工同酬、保障劳动者基本生活等）而被认定为无效或可撤销。

2. 从劳动法的原则和精神看：

   • 劳动法旨在保护劳动者的合法权益，确保劳动者在提供劳动后能够获得合理的报酬。将工资降至最低工资标准，尤其是在部门撤销等非劳动者原因导致的变动中，可能被视为对劳动者权益的不当侵害。
   • 在实际操作中，即使劳动合同中有此类约定，劳动者也有权要求用人单位按照原工资标准或至少按照不低于原工资标准的合理水平支付工资，尤其是在用人单位未能提供同等或类似岗位供劳动者选择的情况下。

3. 从实践操作和风险防范的角度看：

   • 对于用人单位而言，在劳动合同中约定此类条款需谨慎。因为一旦发生争议，此类条款很可能被认定为无效，用人单位不仅需要补发工资差额，还可能面临劳动行政部门的处罚和劳动者的索赔。
   • 对于劳动者而言，如果发现劳动合同中有此类不公平的约定，应及时与用人单位协商修改，或寻求法律援助以维护自己的合法权益。

建议：

• 用人单位在制定劳动合同条款时，应遵循公平、合理、合法的原则，避免设置可能损害劳动者权益的条款。
• 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于劳动报酬的约定，确保自己的权益得到保障。
• 如果发生争议，双方应首先通过协商解决；协商不成的，可以依法向劳动争议调解组织申请调解，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

总结来说，虽然从合同自由的角度来看，劳动合同中可以约定部门撤销后以当地最低工资支付，但这种约定可能因违反劳动法的基本原则或显失公平而被认定为无效。因此，在实际操作中，双方应谨慎对待此类条款，确保劳动合同的合法性和公平性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。